PDB-4cl6: Crystal Structure of 3-hydroxydecanoyl-Acyl Carrier Protein Dehyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cl6

タイトル

Crystal Structure of 3-hydroxydecanoyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabA) from Pseudomonas aeruginosa in complex with N-(4- Chlorobenzyl)-3-(2-furyl)-1H-1,2,4-triazol-5-amine

要素

3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

キーワード

LYASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / BACTERIAL VIRULENCE / DRUG DISCOVERY

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase / trans-2-decenoyl-acyl-carrier-protein isomerase activity / unsaturated fatty acid biosynthetic process / : / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Moynie, L. / McMahon, S.A. / Duthie, F.G. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: A Substrate Mimic Allows High Throughput Assay of the Faba Protein and Consequently the Identification of a Novel Inhibitor of Pseudomonas Aeruginosa Faba.
著者: Moynie, L. / Hope, A.G. / Finzel, K. / Schmidberger, J. / Leckie, S.M. / Schneider, G. / Burkart, M.D. / Smith, A.D. / Gray, D.W. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2014年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月18日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.3	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.4	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cl6.cif.gz	344.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cl6.ent.gz	284.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cl6_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cl6_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4cl6_validation.xml.gz	34.4 KB	表示
CIF形式データ	4cl6_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/4cl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/4cl6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4b0cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4b0j-8 4b8u-1 4b0i-1 4b0j-3 4b0i-2 4b0b-d 4b0j-9 4b0j-7 4b0j-2 6q8n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

B: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

C: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

D: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

E: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

ヘテロ分子

95.2 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

B: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

ヘテロ分子

E: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

D: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.610, 142.870, 77.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-2013- HOH
2	1	E-2034- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	A	A	2 - 171	2 - 171
2	1	PHE	PHE	B	B	2 - 171	2 - 171
1	2	PHE	PHE	A	A	2 - 171	2 - 171
2	2	PHE	PHE	C	C	2 - 171	2 - 171
1	3	PHE	PHE	A	A	2 - 171	2 - 171
2	3	PHE	PHE	D	D	2 - 171	2 - 171
1	4	PHE	PHE	A	A	2 - 171	2 - 171
2	4	PHE	PHE	E	E	2 - 171	2 - 171
1	5	SER	SER	B	B	2 - 170	2 - 170
2	5	SER	SER	C	C	2 - 170	2 - 170
1	6	PHE	PHE	B	B	2 - 171	2 - 171
2	6	PHE	PHE	D	D	2 - 171	2 - 171
1	7	PHE	PHE	B	B	2 - 171	2 - 171
2	7	PHE	PHE	E	E	2 - 171	2 - 171
1	8	SER	SER	C	C	2 - 170	2 - 170
2	8	SER	SER	D	D	2 - 170	2 - 170
1	9	SER	SER	C	C	2 - 170	2 - 170
2	9	SER	SER	E	E	2 - 170	2 - 170
1	10	PHE	PHE	D	D	2 - 171	2 - 171
2	10	PHE	PHE	E	E	2 - 171	2 - 171

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.3053, 0.5926, 0.7454), (0.5977, -0.7286, 0.3345), (0.7413, 0.3434, -0.5766)	-75.5329, 121.7074, 35.0225
2	given	(0.4733, -0.3722, 0.7984), (-0.367, -0.9073, -0.2054), (0.8008, -0.1958, -0.566)	-2.8314, 136.9412, 68.6489
3	given	(0.5269, -0.799, -0.2898), (0.814, 0.3763, 0.4426), (-0.2446, -0.4691, 0.8486)	56.0662, 42.6952, 39.5398
4	given	(0.5116, 0.8134, -0.2769), (-0.8179, 0.3623, -0.4469), (-0.2632, 0.4551, 0.8507)	-54.1186, 46.6124, -35.9553

#1: タンパク質	3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE / 3-HYDROXYDECANOYL-ACYL-CARRIER-PROTEIN DEHYDRATASE / 3-HYDROXYACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] ...3-HYDROXYDECANOYL-ACYL-CARRIER-PROTEIN DEHYDRATASE / 3-HYDROXYACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE FABA / BETA-HYDROXYDECANOYL THIOESTER DEHYDRASE / TRANS-2-DECENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] ISOMERASE 分子量: 18768.533 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌) プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): TUNER 参照: UniProt: O33877, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase, EC: 4.2.1.60
#2: 化合物	ChemComp-7SB / N-(4-chlorobenzyl)-5-(furan-2-yl)-1H-1,2,4-triazol-3-amine 分子量: 274.706 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₁ClN₄O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 詳細: 0.1 M LITHIUM SULPHATE, 12 % PEG MME 5000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→43.51 Å / Num. obs: 42735 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.41→2.47 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B0C

4b0c

解像度: 2.41→43.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 13.064 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21169	2153	5 %	RANDOM
R_work	0.18201	-	-	-
obs	0.18355	40582	97.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1 Å²	0 Å²	-0.42 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→43.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6551	0	95	271	6917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	6810
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	6452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.271	1.975	9210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.9	3.002	14792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.097	5	843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.12	23.211	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.421	15	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.613	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	7796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10029	0.06
1	2	B	10029	0.06
2	1	A	9953	0.06
2	2	C	9953	0.06
3	1	A	9975	0.06
3	2	D	9975	0.06
4	1	A	9983	0.05
4	2	E	9983	0.05
5	1	B	9950	0.06
5	2	C	9950	0.06
6	1	B	10064	0.07
6	2	D	10064	0.07
7	1	B	10027	0.06
7	2	E	10027	0.06
8	1	C	9957	0.06
8	2	D	9957	0.06
9	1	C	9882	0.07
9	2	E	9882	0.07
10	1	D	9950	0.07
10	2	E	9950	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.405→2.467 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	142	-
R_work	0.279	2914	-
obs	-	-	94.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2605	-5.8342	0.0447	23.5992	-5.6588	1.6947	-0.4178	-0.3689	-1.5159	1.633	0.3203	1.0966	-0.314	-0.1503	0.0975	0.3864	-0.4213	0.3758	0.9203	-0.3136	0.6858	-53.884	44.643	30.631
2	1.1875	-0.5919	-0.9725	2.5993	0.4593	2.8946	0.0602	-0.0636	-0.2079	0.2018	-0.1877	0.3255	0.1196	-0.2209	0.1276	0.041	-0.0365	0.0086	0.2302	-0.0295	0.102	-45.569	51.199	21.754
3	4.3781	-2.2154	-0.7595	7.0731	0.9027	4.9824	0.1693	-0.4684	0.3936	0.4847	-0.034	0.029	-0.2928	-0.0776	-0.1353	0.0839	-0.0554	0.0338	0.2411	0.0275	0.0801	-40.595	56.047	27.156
4	2.405	-2.7585	2.5306	15.738	6.4195	9.739	0.1526	0.2117	0.1989	-1.7211	-0.5294	-0.1184	-1.0933	-0.3867	0.3768	0.3029	0.2302	-0.091	0.9445	-0.1433	0.0957	-42.924	65.181	-7.28
5	3.374	-0.8856	-1.6435	2.0986	-0.0503	3.524	0.1892	0.288	-0.0526	-0.3352	-0.3117	0.0984	-0.1487	-0.1696	0.1225	0.0633	0.068	-0.0268	0.1791	-0.005	0.0396	-42.776	64.889	7.018
6	5.8098	-1.0795	-1.3139	8.7246	1.1807	4.5867	0.3266	-0.1299	0.1539	-0.4675	-0.1139	-0.7985	-0.0321	0.5759	-0.2127	0.0663	0.0545	0.0485	0.2251	0.0331	0.0876	-34.435	65.981	8.609
7	4.4726	2.4186	-1.1948	6.7871	-1.9141	2.8153	-0.1298	0.165	0.1372	-0.2379	-0.104	-0.5053	0.0839	0.4138	0.2338	0.1908	0.0028	0.0321	0.2987	0.0679	0.1449	-21.591	105.566	2.381
8	2.5692	0.7346	-1.8587	3.303	0.0293	2.9138	0.1068	-0.2298	0.1265	0.2095	-0.2456	-0.2288	-0.3106	0.3251	0.1387	0.172	-0.0219	-0.0218	0.2613	0.0489	0.1641	-27.199	102.637	13.798
9	4.4349	0.2636	0.4121	6.4099	2.2327	8.8505	0.201	0.2637	-0.4712	0.1087	-0.2028	-0.7552	1.1721	0.3244	0.0019	0.2417	-0.0254	0.0312	0.3417	0.1644	0.3093	-22.046	93.02	8.481
10	4.8718	2.4037	1.1462	19.9866	10.0555	5.124	0.5666	-0.2428	-0.1107	1.0737	-1.0808	1.1121	0.4207	-0.6659	0.5142	0.3156	0.0865	0.1716	0.5283	-0.1204	0.2337	-53.516	94.831	25.858
11	1.6595	1.0074	-0.6487	2.6859	-0.1588	3.3271	0.0597	-0.1886	0.1337	0.1159	-0.1278	0.0282	-0.1625	-0.0641	0.068	0.0764	0.0267	0.0008	0.1748	0.0028	0.1069	-41.886	92.311	17.769
12	3.3564	1.9503	1.1525	8.1477	2.5598	7.8738	0.3335	-0.5308	0.0304	0.8112	-0.0789	-0.5764	0.2554	0.5251	-0.2545	0.1059	0.0051	-0.0093	0.2786	0.0273	0.1536	-37.171	88.053	23.428
13	3.2001	0.0989	-0.9993	1.9479	0.2172	4.866	0.067	-0.2648	-0.0209	0.1656	0.0023	0.1177	0.4016	-0.0945	-0.0693	0.0949	-0.0123	-0.0279	0.0635	0.0145	0.0347	-15.545	36.941	46.18

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	122 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 19
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	20 - 121
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	122 - 171
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 53
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	54 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	132 - 171
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	20 - 121
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	122 - 171
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	2 - 171

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)