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- PDB-4ck0: Crystal structure of the integral membrane diacylglycerol kinase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ck0
タイトルCrystal structure of the integral membrane diacylglycerol kinase - form 2
要素DIACYLGLYCEROL KINASE
キーワードTRANSFERASE / BETA- GAMA-METHYLENEADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DGKA / IN MESO CRYSTALLISATION / LCP / LIPID CUBIC PHASE / LIPIDIC MESOPHASE / LIPID METABOLISM / MEMBRANE PROTEIN / MICROCRYSTAL / MONOACYLGLYCEROL / MONOOLEIN / 9.9 MAG / SOAKING / THERMOSTABLE MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol kinase (ATP) / lipid kinase activity / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / response to UV / ATP binding / membrane / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3610 / DAGK family / Diacylglycerol kinase, prokaryotic / Diacylglycerol kinase (DAGK) superfamily / Prokaryotic diacylglycerol kinase / Prokaryotic diacylglycerol kinase signature. / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Diacylglycerol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.924 Å
データ登録者Li, D. / Lyons, J.A. / Vogeley, L. / Aragao, D. / Caffrey, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Integral Membrane Diacylglycerol Kinase with Zn-Amppcp Bound and its Catalytic Mechanism
著者: Li, D. / Caffrey, M.
履歴
登録2013年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年3月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIACYLGLYCEROL KINASE
B: DIACYLGLYCEROL KINASE
C: DIACYLGLYCEROL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0718
ポリマ－42,7223
非ポリマー1,3495
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint-168.6 kcal/mol
Surface area15460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.820, 72.820, 195.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 DIACYLGLYCEROL KINASE / DAGK / DIGLYCERIDE KINASE / DGK / DIACYLGLYCEROL KINASE -DELTA 4


分子量: 14240.527 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PTRCHISB-DGKA-DELTA 4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): WH1061 / 参照: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP)
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMIANL HIS TAG 'GHHHHHHEL'. COMPARED TO THE WILDTYPE FORM, THE ...THE CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMIANL HIS TAG 'GHHHHHHEL'. COMPARED TO THE WILDTYPE FORM, THE PROTEIN HAS FOUR MUTATIONS. THEY ARE I53C, I70L, M96L AND V107D.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6
詳細: 7-9%(V/V) 2-METHYL-2-4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M LITHIUM NITRATE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE CELSIUS ...詳細: 7-9%(V/V) 2-METHYL-2-4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M LITHIUM NITRATE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE CELSIUS WITH THE MONOOLEIN AS THE HOSTING LIPID. CRYSTALS WERE SOAKED AT 4 DEGREE CELSIUS WITH 10 MM AMPPCP AND 60 MM MAGNESIUM IN THE CRYSTALLIZATION CONDITION FOR 2 H BEFORE HARVESTING.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月1日 / 詳細: K-B PAIR OF BIOMORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→60.02 Å / Num. obs: 13563 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 76.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.92→3 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZE3

3ze3


解像度: 2.924→53.006 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 644 4.8 %
Rwork0.2479 --
obs0.2495 13519 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.739 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 86.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.1579 Å20 Å20 Å2
2--12.1579 Å20 Å2
3----24.3158 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.924→53.006 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2555 0 83 1 2639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5633674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.559951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001443
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9238-3.14950.34311410.29932511X-RAY DIFFRACTION100
3.1495-3.46640.34071270.28192541X-RAY DIFFRACTION100
3.4664-3.96790.27481030.24922572X-RAY DIFFRACTION99
3.9679-4.99850.26221290.21592586X-RAY DIFFRACTION99
4.9985-53.01480.26641440.2532665X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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