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- PDB-4cjd: Crystal structure of Neisseria meningitidis trimeric autotranspor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cjd
タイトルCrystal structure of Neisseria meningitidis trimeric autotransporter and vaccine antigen NadA
要素NADA
キーワードCELL ADHESION / TRIMERIC AUTO-TRANSPORTER (TAA) / COILED-COIL
機能・相同性Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / cell surface / IODIDE ION / NadA
機能・相同性情報
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.056 Å
データ登録者Malito, E. / Biancucci, M. / Spraggon, G. / Bottomley, M.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of the Meningococcal Vaccine Antigen Nada and Epitope Mapping of a Bactericidal Antibody.
著者: Malito, E. / Biancucci, M. / Faleri, A. / Ferlenghi, I. / Scarselli, M. / Maruggi, G. / Lo Surdo, P. / Veggi, D. / Liguori, A. / Santini, L. / Bertoldi, I. / Petracca, R. / Marchi, S. / ...著者: Malito, E. / Biancucci, M. / Faleri, A. / Ferlenghi, I. / Scarselli, M. / Maruggi, G. / Lo Surdo, P. / Veggi, D. / Liguori, A. / Santini, L. / Bertoldi, I. / Petracca, R. / Marchi, S. / Romagnoli, G. / Cartocci, E. / Vercellino, I. / Savino, S. / Spraggon, G. / Norais, N. / Pizza, M. / Rappuoli, R. / Masignani, V. / Bottomley, M.J.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8585
ポリマ－22,3501
非ポリマー5084
水1,802100
1
A: NADA
ヘテロ分子

A: NADA
ヘテロ分子

A: NADA
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 68.6 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,57415
ポリマ－67,0513
非ポリマー1,52312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-77.8 kcal/mol
Surface area22530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.227, 51.227, 577.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

IOD

21A-1002-

IOD

31A-1003-

IOD

41A-1004-

IOD

51A-2034-

HOH

61A-2077-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NADA / ADHESIN A


分子量: 22350.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
株: M01-240320 / Variant: VARIANT 5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0ELI2
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE UNIPROT SEQUENCE PROVIDED HEREIN (A0ELI2) DOES NOT MATCH WITH THE SEQUENCE OF THE CLONE ...THE UNIPROT SEQUENCE PROVIDED HEREIN (A0ELI2) DOES NOT MATCH WITH THE SEQUENCE OF THE CLONE CRYSTALLISED, WHICH CORRESPONDS TO THE NATURAL VARIANT 5 OF NADA AND WHICH AT THE MOMENT LACKS A GENBANK OR UNIPROT ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4 / 詳細: 10% TACSIMATE PH 4.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.54
検出器タイプ: PILATUS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→48.1 Å / Num. obs: 34971 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 22.75
反射 シェル解像度: 2.06→2.18 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Rsym value: 0.82 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.056→48.162 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 3.5 / 位相誤差: 18.67 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 138-198 OF THE ORIGINAL CONSTRUCT WERE NOT MODELLED BECAUSE OF WEAK OR MISSING ELECTRON DENSITY, LIKELY DUE TO DISORDER.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 1744 5 %
Rwork0.1818 --
obs0.183 34948 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.056→48.162 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数905 0 4 100 1009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014912
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2071237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.817332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0563-2.11680.26861360.28252563X-RAY DIFFRACTION92
2.1168-2.18510.23391440.21672747X-RAY DIFFRACTION100
2.1851-2.26320.23651460.20082797X-RAY DIFFRACTION100
2.2632-2.35380.24951510.17162785X-RAY DIFFRACTION100
2.3538-2.46090.18571490.16232816X-RAY DIFFRACTION100
2.4609-2.59070.18671400.15832737X-RAY DIFFRACTION100
2.5907-2.7530.17291480.14672781X-RAY DIFFRACTION100
2.753-2.96550.16271490.14362799X-RAY DIFFRACTION100
2.9655-3.26390.19671380.16182788X-RAY DIFFRACTION100
3.2639-3.7360.17641430.15012795X-RAY DIFFRACTION100
3.736-4.70630.1871500.17412805X-RAY DIFFRACTION100
4.7063-48.1750.27041500.24412791X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25730.0776-0.41661.3739-0.25581.2486-0.0341-0.01480.08840.0472-0.0859-0.0650.0234-0.0201-0.09320.04070.01880.00110.02720.0320.27961.36296.2872192.2606
20.12220.02750.42630.00720.07961.6896-0.0371-0.21460.11910.1965-0.26880.20340.7775-0.03570.2311.69230.10330.02471.3171-0.06890.6072-2.1022-8.061116.1676
33.3593-0.6843-0.06595.3301-0.8353.3830.06740.22790.1434-0.1330.3335-0.8821-0.03490.6461-0.28830.5918-0.0076-0.01281.2094-0.16480.8443-12.9936-15.961521.3989
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 27 THROUGH 125 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 126 THROUGH 200 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 201 THROUGH 210 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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