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- PDB-4c8d: Crystal structure of JmjC domain of human histone 3 Lysine-specif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c8d
タイトルCrystal structure of JmjC domain of human histone 3 Lysine-specific demethylase 3B (KDM3B)
要素LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 3B
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / antioxidant activity / histone deacetylase complex / HDMs demethylate histones / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / antioxidant activity / histone deacetylase complex / HDMs demethylate histones / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 3B, PWWP domain / Domain of unknown function (DUF7030) / Histone demethylase JHDM2-like / Lysine-specific demethylase 3B, tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 3B, PWWP domain / Domain of unknown function (DUF7030) / Histone demethylase JHDM2-like / Lysine-specific demethylase 3B, tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / N-OXALYLGLYCINE / Lysine-specific demethylase 3B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Vollmar, M. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Goubin, S. / Szykowska, A. / Krojer, T. / Crawley, L. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. ...Vollmar, M. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Goubin, S. / Szykowska, A. / Krojer, T. / Crawley, L. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Jmjc Domain of Human Histone 3 Lysine-Specific Demethylase 3B (Kdm3B)
著者: Vollmar, M. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Goubin, S. / Szykowska, A. / Krojer, T. / Crawley, L. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2013年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7267
ポリマ－40,2791
非ポリマー4486
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.340, 85.610, 117.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 3B / JMJC DOMAIN OF HUMAN HISTONE 3 LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 3 JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE ...JMJC DOMAIN OF HUMAN HISTONE 3 LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 3 JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROTEIN 2B / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1B / NUCLEAR PROTEIN 5QNCA


分子量: 40278.543 Da / 分子数: 1 / 断片: JMJC DOMAIN, RESIDUES 1380-1720 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-CTHF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: Q7LBC6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q7LBC6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 6種, 75分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細M AT START AND AGNLYFQ AT END DUE TO CONSTRUCT DESIGN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 27% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→69.12 Å / Num. obs: 22231 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.18→2.25 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YPD

2ypd


解像度: 2.18→69.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 12.78 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23911 1110 5.1 %RANDOM
Rwork0.1943 ---
obs0.19651 20691 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.731 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.26 Å20 Å20 Å2
2---5.38 Å20 Å2
3---8.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→69.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2558 0 26 69 2653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1651.9463592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74535527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.965329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.05223.782119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.55815402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5431516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02620
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0257.8181327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9987.8011324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.42614.5881651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.758.3551317
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.237 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 68 -
Rwork0.286 1336 -
obs--86.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.5532 Å / Origin y: 23.4431 Å / Origin z: 135.346 Å
111213212223313233
T0.1643 Å20.0458 Å20.0068 Å2-0.1748 Å20.0441 Å2--0.3299 Å2
L0.7074 °2-0.6412 °2-0.2696 °2-2.6259 °20.1583 °2--0.2035 °2
S0.3013 Å °0.2411 Å °0.0261 Å °-0.1465 Å °-0.3183 Å °-0.3256 Å °-0.0646 Å °-0.1779 Å °0.0171 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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