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- PDB-4c7v: Apo Transketolase from Lactobacillus salivarius at 2.2A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c7v
タイトルApo Transketolase from Lactobacillus salivarius at 2.2A resolution
要素TRANSKETOLASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase-like TK C-terminal domain / Transketolase, N-terminal / : / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase signature 1. / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 ...Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase-like TK C-terminal domain / Transketolase, N-terminal / : / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase signature 1. / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種LACTOBACILLUS SALIVARIUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lobley, C.M.C. / Lukacik, P. / Bumann, M. / Aller, P. / Douangamath, A. / O'Toole, P.W. / Walsh, M.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: High Resolution Crystal Structures of Lactobacillus Salivarius Transketolase in the Presence and Absence of Thiamine Pyrophosphate
著者: Lukacik, P. / Lobley, C.M.C. / Bumann, M. / Arena De Souza, V. / Owens, R.J. / O'Toole, P.W. / Walsh, M.A.
履歴
登録2013年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSKETOLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5431
ポリマ－74,5431
非ポリマー00
水4,432246
1
A: TRANSKETOLASE

A: TRANSKETOLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,0862
ポリマ－149,0862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-37.4 kcal/mol
Surface area42580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.150, 76.150, 194.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2162-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TRANSKETOLASE


分子量: 74542.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LACTOBACILLUS SALIVARIUS (バクテリア)
株: UCC118 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q1WQU8, transketolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE HIS TAG (THE FIRST 18 RESIDUES ABOVE) IS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20 % W/V PEG3350, 0.2 M SODIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.917
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DCM SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.14 Å / Num. obs: 33992 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→39.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 11.233 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21917 1720 5.1 %RANDOM
Rwork0.16236 ---
obs0.16524 32219 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0.25 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5092 0 0 246 5338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0195234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.781.9557097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.873311390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5095671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.72525.128234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.83115884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.151520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021157
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5393.0992657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5373.0982656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4994.6373322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.223.4432577
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 121 -
Rwork0.238 2360 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7794-0.06420.13820.27950.03940.46930.00140.0843-0.261-0.07730.00780.1702-0.0469-0.2087-0.00920.02540.0139-0.04510.1289-0.02690.17197.75154.468-10.44
20.6318-0.18160.3180.5618-0.07930.57780.02640.0482-0.2749-0.06240.0180.1810.0446-0.208-0.04450.0231-0.029-0.04410.1424-0.04570.2214.9649.212-11.783
30.4907-0.06-0.04350.33020.01160.9637-0.055-0.1516-0.11760.02690.05880.0786-0.1625-0.0666-0.00390.05130.03940.01250.08450.03630.046723.93262.28514.125
41.0997-0.008-0.04291.03140.29771.0204-0.0467-0.15460.16870.00750.0779-0.0585-0.36950.1622-0.03120.2236-0.0741-0.02230.0747-0.02490.03440.27779.85513.535
51.3010.0278-0.32625.1223-0.60040.1911-0.0879-0.2830.00210.1590.0619-0.2573-0.03340.15850.02610.1718-0.059-0.06490.2875-0.01890.080951.3367.81219.419
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2A189 - 337
3X-RAY DIFFRACTION3A338 - 528
4X-RAY DIFFRACTION4A529 - 637
5X-RAY DIFFRACTION5A638 - 661

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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