PDB-4c7u: Crystal structure of manganese superoxide dismutase from Arabidop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c7u

タイトル

Crystal structure of manganese superoxide dismutase from Arabidopsis thaliana

要素

SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

キーワード

OXIDOREDUCTASE / OXIDATIVE STRESS / OXIDATION-REDUCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

embryo development ending in seed dormancy / response to zinc ion / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / mitochondrial matrix / copper ion binding / mitochondrion / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.951 Å

データ登録者

Marques, A. / Santos, S.P. / Rosa, M. / Carrondo, M.A. / Abreu, I.A. / Romao, C.V. / Frazao, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Arabidopsis Thaliana Manganese Superoxide Dismutase at 1.95 A Resolution
著者: Marques, A. / Santos, S.P. / Rosa, M. / Carrondo, M.A. / Abreu, I.A. / Romao, C.V. / Frazao, C.

履歴

登録	2013年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.3	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c7u.cif.gz	632.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c7u.ent.gz	525.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c7u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4c7u_validation.pdf.gz	486 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c7u_full_validation.pdf.gz	492.2 KB	表示
XML形式データ	4c7u_validation.xml.gz	59.3 KB	表示
CIF形式データ	4c7u_validation.cif.gz	84.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/4c7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/4c7u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cojS 1gv3S 1ix9S 1luwS 3ak2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4e4e-d 4br6-d 4f6e-d 3lsu-d 3bfr-1 6nkd-1 4hs7-d 4hw8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

B: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

C: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

D: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

E: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

F: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

G: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

H: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

201 kDa, 8 ポリマー
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1

F: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

B: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

C: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

H: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 4 ポリマー
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2

G: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

D: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

A: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

E: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 4 ポリマー
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3

F: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

B: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

C: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

H: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 4 ポリマー
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4

G: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

D: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

A: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

E: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 4 ポリマー
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5

D: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

G: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

A: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

E: SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.952, 59.181, 107.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.55, 90.51, 89.85
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.9999, 0.0102, 0.0121), (0.0108, -0.9985, -0.0529), (0.0115, 0.053, -0.9985)	27.8429, 80.0553, 210.4719
2	given	(-0.0099, -0.9999, -0.0133), (0.9987, -0.0106, 0.0503), (-0.0504, -0.0128, 0.9986)	100.7651, 2.6003, 56.9162
3	given	(0.0011, -1, 0.0008), (-1, -0.0011, -0.0007), (0.0007, -0.0008, -1)	129.2488, 70.3164, 158.3873
4	given	(-0.9975, 0.0199, 0.0683), (-0.0162, -0.9984, 0.054), (0.0692, 0.0527, 0.9962)	140.3912, 99.3857, -7.3362
5	given	(-0.9977, -0.0067, -0.0681), (-0.0076, 0.9999, 0.0127), (0.068, 0.0132, -0.9976)	127.5917, -31.0263, 207.9614
6	given	(-0.0162, 0.9976, -0.067), (0.9986, 0.0128, -0.0507), (-0.0497, -0.0678, -0.9965)	24.4703, -23.1504, 165.8442
7	given	(0.0082, 0.9974, 0.0717), (-0.9999, 0.0088, -0.0089), (-0.0095, -0.0716, 0.9974)	45.4312, 99.4312, 56.548

#1: タンパク質	SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL / MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE / PROTEIN MANGANESE SUPEROXIDE ATMSD1 / PROTEIN MATERNAL EFFECT ...MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE / PROTEIN MANGANESE SUPEROXIDE ATMSD1 / PROTEIN MATERNAL EFFECT EMBRYO ARREST 33 分子量: 25091.205 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: O81235, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.7 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M SODIUM FORMATE, 20 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9611
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月20日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9611 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→53.98 Å / Num. obs: 98683 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.74 % / B_iso Wilson estimate: 28.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7.64
反射シェル	解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 1.45 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3AK2 1GV3 1IX9 1LUW 1COJ

解像度: 1.951→53.985 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 16.14 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: MNSOD REFINEMENT CONVERGED TO R- -WORK AND R-FREE OF 0.1759 AND 0.2153, RESPECTIVELY, USING A THIN-SHELLS R-FREE SET WITH 2149 REFLECTIONS. THEN A LAST REFINEMENT CYCLE WAS PERFORMED USING ...

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.1729	-	-
obs	0.1729	98653	92.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.951→53.985 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12614	0	8	616	13238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	13032
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	17658
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.786	4636
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1882
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2270

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9511-1.9733	0.2956	3162	0.2956	3162	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9733-1.9965	0.2866	3294	0.2866	3294	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9965-2.0209	0.2692	3289	0.2692	3289	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0209-2.0465	0.2725	3316	0.2725	3316	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0465-2.0734	0.2461	3267	0.2461	3267	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0734-2.1018	0.2394	3253	0.2394	3253	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1018-2.1318	0.2408	3253	0.2408	3253	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1318-2.1636	0.2342	3211	0.2342	3211	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1636-2.1975	0.211	3261	0.211	3261	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1975-2.2335	0.1958	3055	0.1958	3055	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2335-2.272	0.1954	3349	0.1954	3349	X-RAY DIFFRACTION	93
2.272-2.3133	0.1929	3282	0.1929	3282	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3133-2.3578	0.1791	3301	0.1791	3301	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3578-2.4059	0.1873	3206	0.1873	3206	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4059-2.4582	0.1938	3328	0.1938	3328	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4582-2.5154	0.179	3169	0.179	3169	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5154-2.5783	0.1646	3263	0.1646	3263	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5783-2.648	0.156	3209	0.156	3209	X-RAY DIFFRACTION	92
2.648-2.726	0.1458	3199	0.1458	3199	X-RAY DIFFRACTION	90
2.726-2.8139	0.1467	3402	0.1467	3402	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8139-2.9145	0.1474	3333	0.1474	3333	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9145-3.0312	0.1483	3359	0.1483	3359	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0312-3.1691	0.1431	3376	0.1431	3376	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1691-3.3362	0.1502	3377	0.1502	3377	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3362-3.5452	0.1461	3281	0.1461	3281	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5452-3.8188	0.1676	3430	0.1676	3430	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8188-4.203	0.1448	3452	0.1448	3452	X-RAY DIFFRACTION	97
4.203-4.8109	0.1508	3343	0.1508	3343	X-RAY DIFFRACTION	96
4.8109-6.0599	0.1643	3381	0.1643	3381	X-RAY DIFFRACTION	95
6.0599-54.0061	0.1849	3252	0.1849	3252	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0133	0.0105	0.0035	0.0233	-0.0053	0.0183	0.0154	0.0608	-0.0204	-0.0892	0.0153	-0.0529	0.0052	-0.0121	0.0168	0.1925	0.0676	0.0317	0.1355	-0.0168	0.0581	79.488	37.2077	109.2782
2	0.006	0.0042	0.0057	0.0074	0.0014	0.0096	0.0202	-0.0063	0.0185	-0.0383	0.0455	-0.02	0.0113	0.0314	0.0182	0.1021	0.0049	0.0399	0.1085	-0.0262	0.1017	92.5461	41.91	129.3698
3	0.0386	0.0054	-0.0086	0.0004	0.0009	0.01	0.0144	-0.0142	-0.0144	-0.0974	-0.0174	0.0221	0.0673	0.0076	-0.0022	0.1783	0.0047	0.0038	0.0801	0.0031	0.1346	70.285	32.1167	114.0899
4	0.0028	-0.0014	-0.0009	0.0007	0.0017	0.0044	0.0442	-0.0557	0.0063	-0.0019	0.0157	0.0013	0.0244	-0.0338	0.0001	0.0839	-0.0081	-0.0074	0.1049	0.0262	0.1027	56.6515	35.4394	122.4663
5	0.0014	-0.0065	-0.0094	0.0159	0.0291	0.0542	0.0772	-0.0427	-0.0333	-0.001	0.031	-0.0231	-0.0008	-0.0419	0.0457	0.0604	-0.0106	-0.0031	0.048	0.0551	0.0976	67.0458	38.0551	127.7822
6	0.0123	0.0058	-0.0085	0.0176	0.0213	0.0345	0.0659	0.0031	-0.0041	-0.0555	-0.0162	-0.0209	-0.0455	-0.0254	0.0329	0.1035	0.0106	0.0047	0.0609	-0.0022	0.0594	68.1491	42.0581	117.6643
7	0.0065	0.0009	-0.004	0.001	-0.0003	0.0032	-0.0112	0.0091	0.0027	0.0055	0.0266	-0.0207	0.0009	0.0195	0.0001	0.2508	-0.0102	-0.0503	0.1722	0.0434	0.253	68.4143	24.4175	122.6922
8	0.0079	-0.0026	0.0169	0.0007	-0.0062	0.04	0.0459	-0.0227	0.0356	0.0801	0.0123	-0.0666	0.0184	0.0533	0.0748	0.0815	0.0081	-0.007	-0.0346	-0.1525	-0.0716	50.5159	38.1994	103.4386
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ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID -1:35)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 36:67)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 68:93)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 94:119)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 120:137)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 138:190)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 191:202)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID -2:35)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 36:62)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 63:93)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 94:119)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 120:189)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 190:200)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID -2:3)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 4:42)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND RESID 43:83)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 84:93)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 94:149)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN C AND RESID 150:189)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN C AND RESID 190:201)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN D AND RESID -1:30)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND RESID 31:64)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 65:91)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN D AND RESID 92:119)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN D AND RESID 120:139)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN D AND RESID 140:190)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN D AND RESID 191:202)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN E AND RESID -1:28)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN E AND RESID 29:59)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN E AND RESID 60:83)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN E AND RESID 84:119)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN E AND RESID 120:178)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(CHAIN E AND RESID 179:200)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(CHAIN F AND RESID 1:24)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(CHAIN F AND RESID 25:48)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(CHAIN F AND RESID 49:70)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(CHAIN F AND RESID 71:102)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(CHAIN F AND RESID 103:180)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(CHAIN F AND RESID 181:202)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(CHAIN G AND RESID -1:37)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(CHAIN G AND RESID 38:60)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(CHAIN G AND RESID 61:102)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(CHAIN G AND RESID 103:136)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(CHAIN G AND RESID 137:178)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(CHAIN G AND RESID 179:201)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(CHAIN H AND RESID 1:40)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(CHAIN H AND RESID 41:83)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(CHAIN H AND RESID 84:93)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(CHAIN H AND RESID 94:119)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(CHAIN H AND RESID 120:169)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(CHAIN H AND RESID 170:202)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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