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- PDB-4c79: Crystal structure of the Smoothened CRD, native -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c79
タイトルCrystal structure of the Smoothened CRD, native
要素SMOOTHENED
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic motor neuron differentiation / caudal fin morphogenesis / endocrine system development / angioblast cell migration from lateral mesoderm to midline / swim bladder development / swim bladder morphogenesis / neural plate pattern specification / epithelial tube formation / neural plate morphogenesis / otolith morphogenesis ...somatic motor neuron differentiation / caudal fin morphogenesis / endocrine system development / angioblast cell migration from lateral mesoderm to midline / swim bladder development / swim bladder morphogenesis / neural plate pattern specification / epithelial tube formation / neural plate morphogenesis / otolith morphogenesis / floor plate formation / muscle cell fate commitment / striated muscle cell development / diencephalon development / habenula development / semicircular canal morphogenesis / spinal cord motor neuron cell fate specification / forebrain dorsal/ventral pattern formation / arterial endothelial cell fate commitment / cardioblast differentiation / glial cell development / dorsal aorta morphogenesis / embryonic viscerocranium morphogenesis / adenohypophysis development / embryonic neurocranium morphogenesis / myofibril assembly / embryonic camera-type eye development / endocardial cell differentiation / cardiac ventricle development / spinal cord motor neuron differentiation / patched binding / embryonic digestive tract morphogenesis / hindbrain development / somite development / cerebellum morphogenesis / neuron fate commitment / telencephalon development / endocrine pancreas development / smooth muscle tissue development / pattern specification process / oligodendrocyte development / embryonic pattern specification / commissural neuron axon guidance / oxysterol binding / exocrine pancreas development / positive regulation of smoothened signaling pathway / pancreas development / neural crest cell differentiation / anterior/posterior pattern specification / cartilage development / inner ear morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / muscle organ development / smoothened signaling pathway / receptor clustering / protein kinase A catalytic subunit binding / heart looping / inner ear development / negative regulation of protein phosphorylation / vasculogenesis / forebrain development / skeletal muscle fiber development / protein sequestering activity / axon guidance / central nervous system development / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation / nervous system development / retina development in camera-type eye / cilium / dendrite / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain ...Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Nachtergaele, S. / Whalen, D.M. / Mydock, L.K. / Zhao, Z. / Malinauskas, T. / Krishnan, K. / Ingham, P.W. / Covey, D.F. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Structure and Function of the Smoothened Extracellular Domain in Vertebrate Hedgehog Signaling
著者: Nachtergaele, S. / Whalen, D.M. / Mydock, L.K. / Zhao, Z. / Malinauskas, T. / Krishnan, K. / Ingham, P.W. / Covey, D.F. / Siebold, C. / Rohatgi, R.
履歴
登録2013年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMOOTHENED
B: SMOOTHENED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4005
ポリマ－44,2882
非ポリマー1113
水86548
1
A: SMOOTHENED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2333
ポリマ－22,1441
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SMOOTHENED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1672
ポリマ－22,1441
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.620, 68.620, 95.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN A AND (RESSEQ 41:157))
211(CHAIN B AND (RESSEQ 41:157))

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.05527, -0.9494, 0.3092), (-0.9083, -0.08077, -0.4104), (0.4146, -0.3035, -0.8579)
ベクター: 0.3091, 2.815, 10.19)

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要素

#1: タンパク質 SMOOTHENED


分子量: 22144.174 Da / 分子数: 2 / 断片: CYSTEINE-RICH DOMAIN (CRD), RESIDUES 28-210 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q90X26
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細CONSTRUCT CONTAINS ADDITIONAL N-TERMINAL (MA) AND C- TERMINAL (KLEHHHHHH) RESIDUES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.08 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 100 MM HEPES PH7.0, PEG 6000 20%, 10 MM ZNCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→31 Å / Num. obs: 7307 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 36.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C7A

4c7a


解像度: 2.604→29.203 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 340 4.7 %
Rwork0.2136 --
obs0.2157 7275 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.298 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0027 Å20 Å20 Å2
2--2.0027 Å20 Å2
3----4.0055 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.604→29.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1880 0 3 48 1931
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7142609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.71733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003338
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A234X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B234X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.31
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6041-3.28020.27691700.24243360X-RAY DIFFRACTION98
3.2802-29.20470.25181700.20133575X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96861.6713-0.30051.65920.59330.6286-0.02550.0524-0.17210.13130.0211-0.09030.01910.0432-00.24020.0067-0.0110.16270.0180.2138-14.23383.9941-11.3394
20.4978-0.28620.2311.7810.0041.54060.0344-0.20720.09610.1363-0.1620.09050.2641-0.0976-0.07850.2101-0.0549-0.01820.15780.00930.1824-9.027820.242713.5769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESSEQ 41:158)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESSEQ 40:158)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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