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- PDB-4c5p: The structure of mycobacterium marinum arylamine n-acetyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c5p
タイトルThe structure of mycobacterium marinum arylamine n-acetyltransferase
要素ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / TUBERCULOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Arylamine N-acetyltransferase / Cysteine proteinases / Arylamine N-acetyltransferase fold / Arylamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / Arylamine N-acetyltransferase Nat
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM MARINUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.592 Å
データ登録者Abuhammad, A. / Lowe, E.D. / Garman, E.F. / Sim, E.
引用ジャーナル: Ph D Thesis
タイトル: Arylamine N-Acetyltransferases from Mycobacteria: Investigations of a Potential Target for Anti- Tubercular Therapy
著者: Abuhammad, A.
履歴
登録2013年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Atomic model
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2395
ポリマ－30,9671
非ポリマー2724
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.750, 51.750, 176.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2221-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE


分子量: 30967.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM MARINUM (バクテリア)
プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: B2HIZ6, arylamine N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M NA2SO4, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 6.5 AND 20 % W/V PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→38.8 Å / Num. obs: 33245 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 17.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.592→38.82 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1935 1675 5.1 %
Rwork0.1545 --
obs0.1564 33153 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.592→38.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2062 0 17 284 2363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2833057
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.532800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.592-1.63890.28361390.2582554X-RAY DIFFRACTION100
1.6389-1.69180.28011590.22982546X-RAY DIFFRACTION100
1.6918-1.75230.22421370.21572568X-RAY DIFFRACTION100
1.7523-1.82240.2341350.18272576X-RAY DIFFRACTION100
1.8224-1.90540.20521390.15832576X-RAY DIFFRACTION100
1.9054-2.00580.16951270.13292612X-RAY DIFFRACTION100
2.0058-2.13150.16171330.12942597X-RAY DIFFRACTION100
2.1315-2.2960.19381600.12572590X-RAY DIFFRACTION100
2.296-2.5270.17821390.13512625X-RAY DIFFRACTION100
2.527-2.89260.17331320.142666X-RAY DIFFRACTION100
2.8926-3.64390.16391410.13992692X-RAY DIFFRACTION100
3.6439-38.83110.20951340.1662876X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.349 Å / Origin y: 1.1728 Å / Origin z: 12.1545 Å
111213212223313233
T0.0651 Å20.01 Å2-0.0022 Å2-0.055 Å2-0.0006 Å2--0.0435 Å2
L0.8541 °2-0 °2-0.0026 °2-0.8879 °2-0.1175 °2--0.8455 °2
S0.007 Å °-0.0763 Å °-0.0268 Å °0.0606 Å °0.0047 Å °-0.0469 Å °0.0465 Å °0.0603 Å °-0.0101 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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