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万見
- PDB-4c3d: HRSV M2-1, P422 crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c3d
タイトルHRSV M2-1, P422 crystal form
要素MATRIX M2-1
キーワードVIRAL PROTEIN / M2-1 PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / regulation of viral transcription / Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / viral transcription / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry ...symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / regulation of viral transcription / Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / viral transcription / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / transcription antitermination / virion component / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Pneumovirus matrix protein 2 (M2), zinc-binding domain / Pneumovirus matrix 2-1 / Pneumovirus matrix protein 2 (M2) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Tanner, S.J. / Ariza, A. / Richard, C.A. / Wu, W. / Trincao, J. / Hiscox, J.A. / Carroll, M.W. / Silman, N.J. / Eleouet, J.F. / Edwards, T.A. / Barr, J.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Essential Transcription Antiterminator M2-1 Protein of Human Respiratory Syncytial Virus and Implications of its Phosphorylation.
著者: Tanner, S.J. / Ariza, A. / Richard, C. / Kyle, H.F. / Dods, R.L. / Blondot, M. / Wu, W. / Trincao, J. / Trinh, C.H. / Hiscox, J.A. / Carroll, M.W. / Silman, N.J. / Eleouet, J. / Edwards, T.A. / Barr, J.N.
履歴
登録2013年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MATRIX M2-1
B: MATRIX M2-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6536
ポリマ－45,2042
非ポリマー4504
水1,08160
1
A: MATRIX M2-1
ヘテロ分子

A: MATRIX M2-1
ヘテロ分子

A: MATRIX M2-1
ヘテロ分子

A: MATRIX M2-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,30612
ポリマ－90,4074
非ポリマー8998
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area13870 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area34840 Å2
手法PISA
2
B: MATRIX M2-1
ヘテロ分子

B: MATRIX M2-1
ヘテロ分子

B: MATRIX M2-1
ヘテロ分子

B: MATRIX M2-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,30612
ポリマ－90,4074
非ポリマー8998
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area14030 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area31460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.275, 102.275, 90.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2010-

HOH

21A-2017-

HOH

31A-2040-

HOH

41B-2005-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 173 / Label seq-ID: 9 - 178

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 MATRIX M2-1 / HRSV M2-1 / ENVELOPE-ASSOCIATED 22 KDA PROTEIN


分子量: 22601.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (ウイルス)
株: A2 / プラスミド: PGEX-6P / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: P04545
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE INITIAL AMINO ACIDS ARE THE REMNANTS OF REMOVING AN N- TERMINAL GST TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 % / 解説: NONE
結晶化pH: 10 / 詳細: 30 % (V/V) PEG 400, 0.01 M CDCL2, 0.1 M CAPS PH 10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.2823
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月31日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2823 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→45.74 Å / Num. obs: 16695 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 30 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.52→2.61 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.52→45.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 7.591 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26323 845 5.1 %RANDOM
Rwork0.21095 ---
obs0.21351 15849 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.325 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2604 0 4 60 2668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9643554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9436077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4435317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.00823.984123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.21615527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3721521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02607
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.0276.8931280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.0216.891279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.45410.3111593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3247.481360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9563 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.585 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 51 -
Rwork0.222 1048 -
obs--88.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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