PDB-4c0n: Crystal structure of non symbiotic plant hemoglobin AHb3 (GLB3) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c0n

タイトル

Crystal structure of non symbiotic plant hemoglobin AHb3 (GLB3) from Arabidopsis thaliana

要素

2-ON-2 HEMOGLOBIN

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / 2-OVER-2 FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

response to auxin / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Hough, M.A. / Reeder, B.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The Structure of a Class 3 Nonsymbiotic Plant Haemoglobin from Arabidopsis Thaliana Reveals a Novel N-Terminal Helical Extension
著者: Reeder, B.J. / Hough, M.A.

履歴

登録	2013年8月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月21日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c0n.cif.gz	50 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c0n.ent.gz	36.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c0n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4c0n_validation.pdf.gz	848.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c0n_full_validation.pdf.gz	849.5 KB	表示
XML形式データ	4c0n_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	4c0n_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c0n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6b7j-d 4c44-1 6fjl-2 3cij-2 6sdc-d 5hd6-4 4b52-2 3k6w-d 5lvp-4 5l8p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (3) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (3)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (2)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (2)

登録構造単位

A: 2-ON-2 HEMOGLOBIN

ヘテロ分子

20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-ON-2 HEMOGLOBIN

ヘテロ分子

A: 2-ON-2 HEMOGLOBIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.373, 123.373, 123.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	212
Space group name H-M	P4₃32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1152- CL

#1: タンパク質	2-ON-2 HEMOGLOBIN / NON-SYMBIOTIC PLANT HEMOGLOBIN AHB3 分子量: 20223.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q67XG0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.2 / 詳細: 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月31日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→50.3 Å / Num. obs: 31454 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.77→50.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 1.765 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2053	1574	5 %	RANDOM
R_work	0.18574	-	-	-
obs	0.18675	29824	98.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.274 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→50.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1228	0	45	115	1388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.51	1.972	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.888	3	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.507	5	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.01	24.805	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.175	15	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.865	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.028	2.522	625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.02	2.514	624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.03	3.783	787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.032	3.791	788
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.274	2.627	746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.267	2.627	744
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.456	3.866	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.576	20.664	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.485	20.336	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.399	120	-
R_work	0.359	2197	-
obs	-	-	99.83 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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