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- PDB-4bza: Crystal structure of TamA POTRA domains 1-3 from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bza
タイトルCrystal structure of TamA POTRA domains 1-3 from E. coli
要素TRANSLOCATION AND ASSEMBLY MODULE TAMA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / POLYPEPTIDE TRANSPORT-ASSOCIATED / AUTOTRANSPORTER BIOGENESIS / OUTER MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TAM protein secretion complex / protein localization to outer membrane / protein secretion / cell outer membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TamA, POTRA domain 1 / POTRA domain TamA domain 1 / membrane protein fhac / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain ...TamA, POTRA domain 1 / POTRA domain TamA domain 1 / membrane protein fhac / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translocation and assembly module subunit TamA
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.839 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Gruss, F. / Zaehringer, F. / Burmann, B.M. / Hiller, S. / Maier, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: The Structural Basis of Autotransporter Translocation by Tama
著者: Gruss, F. / Zaehringer, F. / Jakob, R.P. / Burmann, B.M. / Hiller, S. / Maier, T.
履歴
登録2013年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSLOCATION AND ASSEMBLY MODULE TAMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5353
ポリマ－29,4111
非ポリマー1242
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.050, 83.050, 150.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2087-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TRANSLOCATION AND ASSEMBLY MODULE TAMA / AUTOTRANSPORTER ASSEMBLY FACTOR TAMA / TAMA


分子量: 29411.166 Da / 分子数: 1 / 断片: POTRA DOMAINS 1-3, RESIDUES 22-275 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PRIL PL1SL2 / 参照: UniProt: P0ADE4
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細WITHOUT N-TERMINAL SIGNAL SEQUENCE (AA. 1-21),COMPRISES AA. 22-275,ADDITIONAL N-TERMINAL ...WITHOUT N-TERMINAL SIGNAL SEQUENCE (AA. 1-21),COMPRISES AA. 22-275,ADDITIONAL N-TERMINAL MET,ADDITIONAL C-TERMINAL 6XHIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
解説: R VALUE OF 173.1 PERC. NOT ACCEPTED BY INPUT FORM, BUT DUE TO CC ONE HALF 76 PERC. AND I OVER SIGMA 2 AT 12- FOLD REDUNDANCY A REASONABLE RESOLUTION CUTOFF
結晶化詳細: HEPES PH 7.5, DI-NA TARTRATE, PEG 3350, NACL, GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→43 Å / Num. obs: 46484 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.99 % / Biso Wilson estimate: 37.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 31.36
反射 シェル解像度: 1.84→1.95 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 1.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.839→42.974 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 2348 5.1 %
Rwork0.1728 --
obs0.1743 46471 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.839→42.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1930 0 8 290 2228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0182037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4642762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008365
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8392-1.87670.28761250.29792484X-RAY DIFFRACTION98
1.8767-1.91750.31721280.27782563X-RAY DIFFRACTION100
1.9175-1.96220.29161280.26312543X-RAY DIFFRACTION100
1.9622-2.01120.27951430.24412555X-RAY DIFFRACTION100
2.0112-2.06560.30281350.24382553X-RAY DIFFRACTION100
2.0656-2.12640.25351340.20172588X-RAY DIFFRACTION100
2.1264-2.1950.19711330.18992564X-RAY DIFFRACTION100
2.195-2.27350.2271440.17262563X-RAY DIFFRACTION100
2.2735-2.36450.20841540.16792566X-RAY DIFFRACTION100
2.3645-2.47210.19941160.15852582X-RAY DIFFRACTION100
2.4721-2.60240.20411300.16412623X-RAY DIFFRACTION100
2.6024-2.76540.21481400.17292586X-RAY DIFFRACTION100
2.7654-2.97890.22411650.17332563X-RAY DIFFRACTION100
2.9789-3.27860.19321480.16872623X-RAY DIFFRACTION100
3.2786-3.75270.20621530.16822631X-RAY DIFFRACTION100
3.7527-4.72710.16021300.14352697X-RAY DIFFRACTION100
4.7271-42.98570.18371420.17382839X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4675-2.7334-0.53694.24822.50633.8340.1332-0.80682.02241.18380.33921.015-1.8158-0.2122-0.09991.51520.2060.43080.6782-0.11941.34169.146559.5417-1.0894
22.82292.5264-1.46198.2766-4.69975.30290.07710.28770.20420.229-0.02140.46-0.1506-0.4126-0.06770.21990.07720.07180.41270.02310.33535.392528.4906-3.3204
32.51011.3755-3.33371.4841-2.75176.2418-0.258-0.0835-0.2251-0.0474-0.1356-0.07480.42090.09530.41340.3476-0.0260.08270.28740.00480.32383.376218.065615.3584
4-0.04740.0323-0.0338-0.0330.0855-0.0281-0.9153-0.76270.2251.37720.4090.8330.3240.08210.55091.52920.25940.31631.2522-0.22670.8085-16.227527.378154.3769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 25 THROUGH 104 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 105 THROUGH 156 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 157 THROUGH 262 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 263 THROUGH 278 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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