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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4byz
タイトル
Structural characterization using Sulfur-SAD of the cytoplasmic domain of Burkholderia pseudomallei PilO2Bp, an actin-like protein component of a Type IVb R64-derivative pilus machinery.
要素
TYPE IV PILUS BIOSYNTHESIS PROTEIN
キーワード
MOTOR PROTEIN
機能・相同性
Pilin accessory predicted / Pilin accessory protein (PilO) / : / PHOSPHATE ION / Type IV pilus biosynthesis protein
モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 27940 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル
解像度: 1.55→1.93 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.7.0029
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.55→32.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.15 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.19844
1438
5.2 %
RANDOM
Rwork
0.14961
-
-
-
obs
0.15209
26448
99.96 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK