[日本語] English
万見
- PDB-4by8: Microheterogeneous Paracelsin-X from Trichoderma reesei -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4by8
タイトルMicroheterogeneous Paracelsin-X from Trichoderma reesei
要素PARACELSIN-X
キーワードANTIBIOTIC / PEPTAIBOL / PEPTAIBIOTIC / MEMBRANE ACTIVE / PEPTIDE ANTIBIOTIC
機能・相同性METHANOL / :
機能・相同性情報
生物種TRICHODERMA REESEI (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 0.94 Å
データ登録者Gessmann, R. / Petratos, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Microheterogeneous Paracelsin-X from Trichoderma Reesei
著者: Gessmann, R. / Petratos, K.
履歴
登録2013年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Atomic model / Source and taxonomy
改定 1.22013年10月2日Group: Database references
改定 1.32019年4月17日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / exptl_crystal_grow ...chem_comp / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _exptl_crystal_grow.method ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PARACELSIN-X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9392
ポリマ－1,9071
非ポリマー321
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.020, 22.020, 42.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド PARACELSIN-X


分子量: 1907.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRICHODERMA REESEI (菌類) / 株: QM9414 / 参照: NOR: NOR01025
#2: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE PEPTIDE CRYSTALLIZED IS MICROHETEROGENEIC IN 4 POSITIONS IN THE SEQUENCE. ALA4 IS ALSO AIB4, ...THE PEPTIDE CRYSTALLIZED IS MICROHETEROGENEIC IN 4 POSITIONS IN THE SEQUENCE. ALA4 IS ALSO AIB4, AIB6 IS ALSO ALA6, VAL9 IS ALSO ILE9, VAL15 IS ALSO ILE15

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.47 % / 解説: NONE
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: SLOW EVAPORATION AT ROOM TEMPERATURE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.94→11.31 Å / Num. obs: 7699 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 0.94→0.99 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS
開始モデル: NONE

解像度: 0.94→11.31 Å / Num. parameters: 1305 / Num. restraintsaints: 1321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 379 5 %RANDOM
all0.166 7699 --
obs0.164 -98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS,KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 4 / Occupancy sum hydrogen: 147 / Occupancy sum non hydrogen: 139.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.94→11.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数163 0 2 3 168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.43
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.06

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る