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- PDB-4by5: Crystal structure of Drosophila Frq2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4by5
タイトルCrystal structure of Drosophila Frq2
要素FI18190P1
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN / CALCIUM SENSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neurotransmitter secretion / neurotransmitter secretion / neuromuscular junction development / regulation of signal transduction / vesicle-mediated transport / synaptic vesicle / chemical synaptic transmission / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Recoverin family / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Banos-Mateos, S. / Chaves-Sanjuan, A. / Sanchez-Barrena, M.J.
引用ジャーナル: J.Cell.Sci. / 年: 2014
タイトル: The Guanine-Exchange Factor Ric8A Binds the Calcium Sensor Ncs-1 to Regulate Synapse Number and Probability of Release.
著者: Romero-Pozuelo, J. / Dason, J.S. / Mansilla, A. / Banos-Mateos, S. / Sardina, J.L. / Chaves-Sanjuan, A. / Jurado-Gomez, J. / Santana, E. / Atwood, H.L. / Hernandez-Hernandez, A. / Sanchez-Barrena, M. / Ferrus, A.
履歴
登録2013年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FI18190P1
B: FI18190P1
C: FI18190P1
D: FI18190P1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,19417
ポリマ－87,6904
非ポリマー50413
水4,089227
1
A: FI18190P1
ヘテロ分子

C: FI18190P1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0858
ポリマ－43,8452
非ポリマー2406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area2300 Å2
ΔGint-90.9 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
C: FI18190P1
ヘテロ分子

A: FI18190P1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0858
ポリマ－43,8452
非ポリマー2406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area2300 Å2
ΔGint-90.9 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
3
B: FI18190P1
D: FI18190P1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1089
ポリマ－43,8452
非ポリマー2637
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-99.4 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.984, 131.192, 56.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLEULEUAA5 - 1825 - 182
21ASNASNLEULEUBB5 - 1825 - 182
12LYSLYSALAALAAA7 - 1817 - 181
22LYSLYSALAALACC7 - 1817 - 181
13LYSLYSLEULEUAA7 - 1827 - 182
23LYSLYSLEULEUDD7 - 1827 - 182
14LYSLYSLEULEUBB7 - 1847 - 184
24LYSLYSLEULEUCC7 - 1847 - 184
15LYSLYSLEULEUBB7 - 1827 - 182
25LYSLYSLEULEUDD7 - 1827 - 182
16LYSLYSLEULEUCC7 - 1827 - 182
26LYSLYSLEULEUDD7 - 1827 - 182

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
FI18190P1 / FREQUENIN / FREQUENIN 2


分子量: 21922.443 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CALCIUM BINDING TO EF HANDS 2,3 AND 4
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PETDUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9VWX8
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 21% PEG 4000, 0.1 M CACL2, 0.1 M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→42.97 Å / Num. obs: 40192 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.22→2.34 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G8I

1g8i


解像度: 2.22→42.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 6.955 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27052 2009 5 %RANDOM
Rwork0.21068 ---
obs0.21366 38151 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.466 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å2-0.06 Å2
2--2.37 Å20 Å2
3----1.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5702 0 13 227 5942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0195828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7921.9477840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8855680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25224.543339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.761151067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2831545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A2410.17
12B2410.17
21A2230.21
22C2230.21
31A2250.26
32D2250.26
41B2190.24
42C2190.24
51B2130.27
52D2130.27
61C2200.26
62D2200.26
LS精密化 シェル解像度: 2.221→2.279 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 124 -
Rwork0.263 2726 -
obs--96.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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