+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bvr | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cyanuric acid hydrolase: evolutionary innovation by structural concatenation. | |||||||||
要素 | CYANURIC ACID AMIDOHYDROLASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / AMIDASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyanuric acid amidohydrolase / cyanuric acid amidohydrolase activity / atrazine catabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | PSEUDOMONAS SP. ADP (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å | |||||||||
データ登録者 | Peat, T.S. / Balotra, S. / Wilding, M. / French, N.G. / Briggs, L.J. / Panjikar, S. / Cowieson, N. / Newman, J. / Scott, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013 タイトル: Cyanuric Acid Hydrolase: Evolutionary Innovation by Structural Concatenation. 著者: Peat, T.S. / Balotra, S. / Wilding, M. / French, N.G. / Briggs, L.J. / Panjikar, S. / Cowieson, N. / Newman, J. / Scott, C. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bvr.cif.gz | 147.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4bvr.ent.gz | 114.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bvr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4bvr_validation.pdf.gz | 461.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4bvr_full_validation.pdf.gz | 465.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4bvr_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4bvr_validation.cif.gz | 35.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bvr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 363 / Label seq-ID: 20 - 383
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40418.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. ADP (バクテリア) 解説: GENE SYNTHESIZED BASED ON SEQUENCE FROM ACCESSION NO U66917 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P58329, cyanuric acid amidohydrolase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 6.6 詳細: THE PROTEIN WAS AT 1 MG/ML AFTER DIALYSIS WITH HEPES BUFFER AND CYANURIC ACID, THIS WAS ADDED IN A 3:1 RATIO TO THE RESERVIOR SOLUTION OF 38% V/V PEG 400 AND 100 MM HEPES PH 6.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.58→42.5 Å / Num. obs: 23460 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.72 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ZGR 3zgr 解像度: 2.58→41.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 9.468 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.497 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.042 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.58→41.59 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|