PDB-4bt9: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PEPTIDE(PRO-PRO-GLY)3 BOUND COMPLEX OF N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bt9

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE PEPTIDE(PRO-PRO-GLY)3 BOUND COMPLEX OF N- TERMINAL DOMAIN AND PEPTIDE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF PROLYL-4 HYDROXYLASE (RESIDUES 1-238) TYPE I FROM HUMAN

要素

(PRO-PRO-GLY)3 PEPTIDE
PROLYL 4-HYDROXYLASE SUBUNIT ALPHA-1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT MOTIF / COILED-COIL / PROLINE RICH PEPTIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

procollagen-proline 4-dioxygenase / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / collagen fibril organization / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Anantharajan, J. / Koski, M.K. / Wierenga, R.K.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: The Structural Motifs for Substrate Binding and Dimerization of the Alpha Subunit of Collagen Prolyl 4-Hydroxylase
著者: Anantharajan, J. / Koski, M.K. / Kursula, P. / Hieta, R. / Bergmann, U. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K.

履歴

登録	2013年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.3	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.4	2017年1月25日	Group: Data collection
改定 1.5	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.6	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bt9.cif.gz	208.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bt9.ent.gz	169.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bt9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/4bt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/4bt9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yq8SC 4bt8C 4btaC 4btbC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bt8-d 5imt-d 4bta-d 2yq8-d 4bik-2 5yjh-d 5nv6-2 5yjg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3)

登録構造単位

A: PROLYL 4-HYDROXYLASE SUBUNIT ALPHA-1

B: PROLYL 4-HYDROXYLASE SUBUNIT ALPHA-1

C: (PRO-PRO-GLY)3 PEPTIDE

55.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.280, 100.930, 68.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	PROLYL 4-HYDROXYLASE SUBUNIT ALPHA-1 / 4-PH ALPHA-1 / PROCOLLAGEN-PROLINE\ / 2-OXOGLUTARATE-4-DIOXYGENASE SUBUNIT ALPHA-1 / PROLYL-4 ...4-PH ALPHA-1 / PROCOLLAGEN-PROLINE\ / 2-OXOGLUTARATE-4-DIOXYGENASE SUBUNIT ALPHA-1 / PROLYL-4 HYDROXYLASE TYPE I 分子量: 27519.084 Da / 分子数: 2 / 断片: COLLAGEN BINDING DOMAIN, RESIDUES 18-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13674, procollagen-proline 4-dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド	(PRO-PRO-GLY)3 PEPTIDE 分子量: 771.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 10% PEGMME 5000, 10% DMSO, 6% MPD, 0.1 M MES, PH 6.0, 5MM SPERMINE HCL, 5MM (PRO-PRO-GLY)3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX II

/ ビームライン: I911-3 / 波長: 1.0, 1.9

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.9	1

反射

解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 40153 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 21.9

反射シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YQ8

2yq8

解像度: 1.9→58.765 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2225	1997	5 %
R_work	0.1738	-	-
obs	0.1762	40148	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→58.765 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3892	0	0	281	4173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3994
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.931	5406
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.47	1510
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	598
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	697

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9475	0.2804	146	0.245	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9475-2.0002	0.2867	132	0.2085	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0002-2.059	0.274	141	0.1883	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.059-2.1255	0.2573	141	0.1782	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1255-2.2015	0.189	141	0.1676	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2015-2.2896	0.217	140	0.1765	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.3938	0.1752	143	0.1654	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.52	0.2151	141	0.1647	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6779	0.2357	142	0.1666	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6779-2.8847	0.2453	144	0.1708	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8847-3.1749	0.2416	142	0.1816	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1749-3.6343	0.2231	144	0.1682	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6343-4.5786	0.1946	146	0.1562	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5786-58.7932	0.2204	154	0.1816	2907	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.111	-0.0439	-1.0541	0.0858	0.0007	0.5224	0.0242	-0.1122	-0.3023	0.0347	-0.0671	-0.0021	0.0593	0.0406	0.0383	0.1821	-0.0147	-0.0004	0.1182	0.0035	0.1873	67.0488	10.6805	40.5033
2	1.3523	-0.3364	-0.624	0.7827	0.7073	2.3062	-0.041	0.1338	-0.1095	-0.0475	0.0227	-0.1288	0.2801	0.2096	0.0041	0.1917	0.0396	0.0121	0.1549	0.0247	0.2005	96.9305	9.9857	19.0708
3	0.1048	-0.2503	0.3152	2.4637	-2.0929	3.1344	0.0211	0.3764	0.003	-0.2913	0.1504	0.1834	0.1723	-0.6364	-0.0838	0.1747	-0.0057	0.0316	0.3887	-0.0135	0.2063	86.1092	11.5307	-2.3638
4	4.0152	-0.2595	-1.0485	0.4411	0.1138	0.8695	-0.1765	-0.156	-0.2321	0.0246	0.0931	-0.0311	0.1549	0.0138	0.0675	0.1976	-0.0139	-0.0102	0.0712	-0.0171	0.1743	65.8472	8.1612	33.4259
5	2.7401	-0.031	-0.9041	0.8941	0.2774	1.8158	0.0451	0.199	0.0698	0.0148	-0.0366	-0.006	0.0461	0.0372	0.0088	0.1618	0.02	0.0002	0.1125	0.0135	0.1247	87.7854	12.8538	24.2171
6	4.2897	-1.6151	-0.1636	2.8063	0.6515	1.9687	0.1698	0.245	-0.139	0.1069	-0.1489	0.2765	0.0404	-0.1178	-0.0257	0.1644	-0.0293	0.0211	0.0932	-0.0095	0.1454	52.5729	21.2389	34.7068
7	3.4087	1.898	-1.2064	2.4722	-1.0685	3.1255	0.1694	-0.3011	0.7351	-0.0437	0.1473	0.2713	-0.5543	-0.2464	-0.0161	0.2298	0.0057	0.0623	0.1784	-0.1103	0.2298	39.0591	19.1267	55.5914
8	1.5475	0.0644	1.2011	1.9602	0.3033	1.475	0.1585	-0.2435	-0.4598	-0.1442	0.0846	0.0386	0.0572	0.1922	-0.1829	0.2442	-0.0253	-0.0034	0.2749	0.0215	0.1952	42.038	3.432	57.2163
9	-0.5545	-0.0941	0.9027	1.0133	1.829	3.0617	-0.0654	0.0698	0.0752	0.2396	0.024	0.0069	0.3842	0.0139	0.0451	0.2441	-0.0766	0.0272	0.4288	-0.0527	0.1874	51.845	17.4438	73.0231
10	4.5465	-0.1845	1.4371	4.7476	0.4108	4.4065	-0.4616	0.1301	0.2089	-0.3696	0.4122	1.1994	-0.0068	0.0211	-0.0246	0.3337	-0.0313	-0.0177	0.5207	0.0049	0.3792	84.0008	22.6734	-8.2432

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 3 THROUGH 90 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 91 THROUGH 146 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 147 THROUGH 238 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 0 THROUGH 61 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 62 THROUGH 90 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 91 THROUGH 106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 107 THROUGH 123 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 124 THROUGH 146 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 147 THROUGH 237 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 9 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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