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- PDB-4brv: Superoxide reductase (Neelaredoxin) from Ignicoccus hospitalis E23A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4brv
タイトルSuperoxide reductase (Neelaredoxin) from Ignicoccus hospitalis E23A
要素DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION
キーワードOXIDOREDUCTASE / NEELAREDOXIN / SYMBIOSIS / OXIDATIVE STRESS
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / SOR catalytic domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain superfamily / Desulfoferrodoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding region
類似検索 - 構成要素
生物種IGNICOCCUS HOSPITALIS (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Romao, C.V. / Matias, P.M. / Pinho, F.G. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Bandeiras, T.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Natural Sor Mutant
著者: Romao, C.V. / Matias, P.M. / Pinho, F.G. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Bandeiras, T.M.
履歴
登録2013年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION
B: DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION
C: DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION
D: DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4448
ポリマ－56,2204
非ポリマー2234
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11520 Å2
ΔGint-114.5 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.908, 74.796, 68.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION / SUPEROXIDE REDUCTASE


分子量: 14055.056 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) IGNICOCCUS HOSPITALIS (古細菌) / プラスミド: PET24A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: A8AC72
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 100MM TRISHCL PH 8.5, 10MM NICL2, 20% (W/V) PEG 2000 MONOMETHYLETHER AND 15% (W/V) GLYCEROL.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM PT135 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→40.7 Å / Num. obs: 33545 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BK8

4bk8


解像度: 2.05→29.601 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1997 1561 5.1 %
Rwork0.1587 --
obs0.1608 30894 92.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.601 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3972 0 4 139 4115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1325567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0231541
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.11620.32861260.27452362X-RAY DIFFRACTION81
2.1162-2.19180.28771270.24622429X-RAY DIFFRACTION85
2.1918-2.27950.28431410.22212473X-RAY DIFFRACTION86
2.2795-2.38320.24941200.19162603X-RAY DIFFRACTION89
2.3832-2.50880.20661160.1872677X-RAY DIFFRACTION92
2.5088-2.66590.25291520.192709X-RAY DIFFRACTION94
2.6659-2.87160.22021540.16812761X-RAY DIFFRACTION96
2.8716-3.16020.19271720.15972736X-RAY DIFFRACTION96
3.1602-3.61680.20771410.13662817X-RAY DIFFRACTION96
3.6168-4.55410.15261520.12082845X-RAY DIFFRACTION98
4.5541-29.60420.15191600.13032921X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3416-2.9961.69059.2186-1.18237.063-0.332-1.19110.44831.38940.07240.2567-0.1971-0.27890.19970.3305-0.0033-0.00620.4034-0.05310.242215.1704-16.978611.1787
26.01413.5472-0.53946.2599-0.63171.3340.1516-0.25850.54280.358-0.09630.5811-0.1251-0.0362-0.09830.17580.04030.0160.2085-0.00530.29920.0574-15.14181.9653
33.36930.90360.04313.88070.03751.3611-0.0430.03840.0995-0.09440.03880.3280.0108-0.0582-0.00620.10350.0286-0.01090.1437-0.00550.21864.8903-20.7932-0.8849
43.352-5.356-2.31919.2051.6588.0705-0.4344-1.2396-0.42730.88020.3601-0.0854-0.10470.19970.09640.3039-0.00890.04840.40950.06280.291912.3952-27.423311.1888
54.98982.1010.49238.17480.64291.38850.0403-0.1832-0.48310.50740.0088-0.44820.0470.0255-0.06440.1710.0478-0.03190.2020.00470.248727.4885-29.40032.0103
62.87090.81910.24514.6230.43331.3735-0.0240.01030.0304-0.1020.0253-0.1906-0.04540.0733-0.00730.10620.0342-0.01370.15110.00550.180422.546-23.6117-0.8791
72.77414.358-0.70286.8643-0.70637.5842-0.32991.50470.3431-1.5227-0.1105-0.63250.02970.60450.4081.07040.18450.14861.21710.22460.403715.2075-16.9191-32.3624
83.32081.076-0.42575.66830.71763.754-0.08750.99550.2577-0.90.2523-0.4245-0.12390.0274-0.1580.52880.02380.24350.69050.01460.376729.1219-24.3127-24.092
93.0097-0.31850.22522.6280.51713.08030.02720.86760.0436-0.7603-0.0313-0.18530.05670.0477-0.00270.4333-0.00460.09090.4543-0.00120.203422.4607-24.3787-20.193
103.22512.6822-3.39246.67191.93248.65710.27261.2053-0.0025-1.1089-0.25570.4223-0.333-0.10270.01670.98950.12-0.07911.1513-0.13420.341512.3523-27.2745-32.4924
114.05911.2950.81666.1929-1.96863.65510.14641.0547-0.1396-1.3278-0.32430.128-0.0116-0.19710.01610.6050.1066-0.23760.668-0.01270.3328-1.7731-19.7804-24.1403
122.9499-0.5078-0.24942.8257-0.1743.04440.00350.91720.0447-0.7904-0.07940.1392-0.0915-0.04280.01550.44270.0103-0.12610.48820.0250.24344.9951-19.9163-20.2082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:12)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 13:52)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 53:124)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 1:12)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 13:52)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 53:124)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN C AND RESID 1:12)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN C AND RESID 13:47)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN C AND RESID 48:124)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN D AND RESID 1:12)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN D AND RESID 13:47)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN D AND RESID 48:124)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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