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万見
- PDB-4bqq: Protein crystal structure of the N-terminal and recombinase domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bqq
タイトルProtein crystal structure of the N-terminal and recombinase domains of the Streptomyces temperate phage serine recombinase, fC31 integrase.
要素INTEGRASE
キーワードHYDROLASE / SERINE RECOMBINASE / UNIDIRECTIONAL / SITE-SPECIFIC RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Putative Large Serine Recombinase; Chain B, Domain 2 / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Hect, E3 ligase catalytic domain fold / Resolvase, N-terminal catalytic domain / : / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain ...Putative Large Serine Recombinase; Chain B, Domain 2 / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Hect, E3 ligase catalytic domain fold / Resolvase, N-terminal catalytic domain / : / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種STREPTOMYCES PHAGE PHIC31 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者McMahon, S.A. / McEwan, A.R. / Smith, M.C.M. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Protein Crystal Structure of the N-Terminal and Recombinase Domains of the Streptomyces Temperate Phage Serine Recombinase, Fc31 Integrase.
著者: McMahon, S.A. / McEwan, A.R. / Smith, M.C.M. / Naismith, J.H.
履歴
登録2013年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8212
ポリマ－88,8212
非ポリマー00
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-32.8 kcal/mol
Surface area35260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.040, 96.040, 117.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 369 / Label seq-ID: 26 - 394

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9176, 0.3742, -0.134), (0.3841, 0.7479, -0.5414), (-0.1024, -0.5483, -0.83)
ベクター: 8.8331, 34.5982, 116.6098)

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要素

#1: タンパク質 INTEGRASE


分子量: 44410.395 Da / 分子数: 2
断片: RESOLVASE N-TERMINAL AND RECOMBINASE DOMAIN, RESIDUES 1 -371
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES PHAGE PHIC31 (ファージ)
プラスミド: PEHISTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9T221
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 0.1M SODIUM CITRATE PH5.5, 1.55M DI AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→96.04 Å / Num. obs: 56465 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0111精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→96.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 11.366 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24427 2865 5.1 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
obs0.21963 53600 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.885 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→96.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5268 0 0 185 5453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1591.9667286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97839331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4585671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.77822.51251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20915960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3761564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021139
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12005 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.154→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 192 -
Rwork0.314 3858 -
obs--97.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.58111.3927-0.73147.7694-1.61893.68310.3219-0.5006-0.26480.4473-0.7795-0.16890.20040.38350.45760.3129-0.08510.03870.42540.03430.086819.55948.94623.907
24.2232.66211.80932.25731.84251.728-0.48840.1341-0.7695-0.77260.4513-0.3268-0.80330.28330.03710.7989-0.19470.06280.6921-0.14920.558829.65263.38741.992
34.90755.4315-2.68357.48-1.54353.7279-0.25930.0439-1.7342-0.43350.2209-1.8878-0.06960.22510.03840.33670.04550.06750.40690.06131.693435.91844.6849.031
417.45252.9108-2.68435.7097.288211.9404-0.0141-1.3963-2.10710.83860.1967-0.82481.010.8437-0.18261.01440.1161-0.47410.87170.57011.79231.89934.03666.213
56.58132.6069-0.03427.394-1.94131.1243-0.036-0.7925-0.87671.0121-0.1748-1.3822-0.3664-0.11990.21080.45630.0218-0.13140.360.08410.325721.23649.49655.735
62.14140.0985-0.13472.50750.20872.8826-0.1814-0.18690.6385-0.1086-0.19210.78-0.4712-0.27750.37350.23780.0385-0.15610.2274-0.17330.47095.88671.35910.589
72.5112-3.54030.742110.541-1.36540.8127-0.35560.11570.01260.16840.35540.4308-0.0473-0.33550.00020.27920.02480.11010.52750.16080.2464-13.71254.47246.82
811.94525.0886-3.20458.519-5.02819.99740.12980.4179-0.7086-0.38790.37810.14870.6522-1.1125-0.50790.2986-0.2062-0.13530.5408-0.03890.4267-15.96436.1639.099
93.49410.2746-0.09891.3715-0.91192.4379-0.00220.4247-0.0082-0.13360.1880.1782-0.2336-0.1044-0.18570.3035-0.02220.08190.30530.05150.08660.23849.23440.69
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2A133 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3A175 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4A240 - 260
5X-RAY DIFFRACTION5A272 - 369
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 170
7X-RAY DIFFRACTION7B171 - 227
8X-RAY DIFFRACTION8B242 - 260
9X-RAY DIFFRACTION9B270 - 370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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