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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bq2 | ||||||
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タイトル | Structural analysis of an exo-beta-agarase | ||||||
![]() | B-AGARASE | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-agarase / beta-agarase activity / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pluvinage, B. / Hehemann, J.H. / Boraston, A.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate Recognition and Hydrolysis by a Family 50 Exo-Beta-Agarase Aga50D from the Marine Bacterium Saccharophagus Degradans 著者: Pluvinage, B. / Hehemann, J.H. / Boraston, A.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 644 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 529.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84298.211 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC MODULE, RESIDUES 47-793 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 2-40 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 19% (W/V) PEG 3350, 0.22 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→39.28 Å / Num. obs: 245117 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.279 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.28 Å
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拘束条件 |
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