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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bpt
タイトルStructural and thermodynamic insight into phenylalanine hydroxylase from the human pathogen Legionella pneumophila
要素PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE (PAH) (PHE-4-MONOOXYGENASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / PYOMELANIN SYNTHESIS / THERMOSTABILITY / AGGREGATION
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine 4-monooxygenase / phenylalanine 4-monooxygenase activity / L-phenylalanine catabolic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine-4-hydroxylase, monomeric form / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase ...Phenylalanine-4-hydroxylase, monomeric form / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase family profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : / Phe-4-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Leiros, H.-K.S. / Flydal, M.I. / Martinez, A.
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2013
タイトル: Structural and Thermodynamic Insight Into Phenylalanine Hydroxylase from the Human Pathogen Legionella Pneumophila.
著者: Leiros, H.S. / Flydal, M.I. / Martinez, A.
履歴
登録2013年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Atomic model
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE (PAH) (PHE-4-MONOOXYGENASE)
B: PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE (PAH) (PHE-4-MONOOXYGENASE)
C: PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE (PAH) (PHE-4-MONOOXYGENASE)
D: PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE (PAH) (PHE-4-MONOOXYGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,31210
ポリマ－125,6754
非ポリマー6376
水2,792155
1
A: PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE (PAH) (PHE-4-MONOOXYGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7374
ポリマ－31,4191
非ポリマー3183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE (PAH) (PHE-4-MONOOXYGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7374
ポリマ－31,4191
非ポリマー3183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE (PAH) (PHE-4-MONOOXYGENASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4191
ポリマ－31,4191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE (PAH) (PHE-4-MONOOXYGENASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4191
ポリマ－31,4191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.320, 60.120, 124.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE (PAH) (PHE-4-MONOOXYGENASE)


分子量: 31418.826 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS RIL
参照: UniProt: I7HM43, UniProt: Q5ZS72*PLUS, phenylalanine 4-monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.98 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.6 M NAK2PO4, 4% (V/V) PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 41892 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V27

2v27


解像度: 2.5→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 12.643 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30203 1272 3.1 %RANDOM
Rwork0.2636 ---
obs0.26481 40034 90.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.15 Å20 Å2-4.74 Å2
2---17.52 Å20 Å2
3---35.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7949 0 42 155 8146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.027868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.025439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0831.96610682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.614313035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6755961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.69423.352364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.129151172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6391547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.21136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0218813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.559 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 82 -
Rwork0.298 2804 -
obs--91.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09020.2554-0.11460.071-0.15441.4964-0.04050.0160.0302-0.0119-0.00310.00450.01650.10960.04360.03290.0001-0.0050.02130.02440.188717.567-0.734-4.551
20.2662-0.0129-0.10490.3710.12760.584-0.0343-0.03710.0316-0.02410.0304-0.00570.0460.04380.0040.01240.00170.00740.01260.00710.26245.433-0.0535.064
30.8080.15350.69870.04380.05321.1176-0.0136-0.02690.0259-0.00720.0216-0.0055-0.0362-0.1432-0.0080.04890.00290.05050.0539-0.03330.166927.636-20.148-4.458
40.268-0.18030.15620.3558-0.06120.5669-0.0228-0.0465-0.0283-0.01530.05320.0262-0.0242-0.0166-0.03050.00730.00060.02170.01030.00010.304939.707-20.8675.049
57.3743-2.1153.37661.26781.06517.8002-0.119-0.46440.08280.0260.2315-0.0766-0.09490.0709-0.11250.1970.0241-0.04440.1509-0.11070.097851.526-12.32646.652
60.5796-0.1723-1.13380.13250.56768.78560.8906-0.75720.3929-0.27130.3423-0.1554-1.11411.1864-1.23291.4441-1.24220.57211.231-0.54250.366152.302-12.24547.028
71.05153.03580.14838.85270.48920.0697-0.2066-0.02430.2481-0.42720.09530.81120.13350.08950.11140.630.23110.18180.34720.15010.1669-6.449-8.65246.673
80.7523.161-0.303613.5792-1.30410.1413-0.20520.02330.1542-1.04140.23420.6810.125-0.0046-0.02890.31730.110.08060.36310.19740.1921-6.927-8.42447.323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2A50 - 261
3X-RAY DIFFRACTION3B10 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4B50 - 261
5X-RAY DIFFRACTION5C30 - 49
6X-RAY DIFFRACTION6C50 - 261
7X-RAY DIFFRACTION7D30 - 49
8X-RAY DIFFRACTION8D50 - 261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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