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万見
- PDB-4bok: Crystal structure of Bacillus circulans TN-31 Aman6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bok
タイトルCrystal structure of Bacillus circulans TN-31 Aman6
要素ALPHA-1,6-MANNANASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycosyltransferase - #20 / Six-hairpin glycosidase superfamily ...: / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycosyltransferase - #20 / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Galactose-binding-like domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1,6-mannanase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS CIRCULANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.047 Å
データ登録者Striebeck, A. / van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of B. Circulans Aman6 Defines the Fold and Mechanism of the Gh-76 Mannoprotein Transglycosylases and Bacterial Mannosidases
著者: Striebeck, A. / Borodkin, V.S. / Ferenbach, A.T. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2013年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-1,6-MANNANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6531
ポリマ－38,6531
非ポリマー00
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.948, 65.093, 90.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-1,6-MANNANASE / AMAN6


分子量: 38653.422 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 35-375 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS CIRCULANS (バクテリア) / 株: TN-31 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z4P9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.45 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.969
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 19462 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 19.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル最高解像度: 2 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.047→40.12 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2121 997 5.1 %
Rwork0.1702 --
obs0.1727 19461 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.047→40.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2725 0 0 214 2939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032805
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6793818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.482965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0474-2.15530.26221520.21382531X-RAY DIFFRACTION98
2.1553-2.29040.27881190.19792603X-RAY DIFFRACTION100
2.2904-2.46720.22241370.17752608X-RAY DIFFRACTION100
2.4672-2.71540.26121490.17572629X-RAY DIFFRACTION100
2.7154-3.10820.22081430.1782637X-RAY DIFFRACTION100
3.1082-3.91550.17551520.14752657X-RAY DIFFRACTION100
3.9155-40.12780.17931450.15832799X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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