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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bo9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG) from Pseudomonas aeruginosa in complex with 5-(2-(furan-2-ylmethoxy) phenyl)-2-phenyltetrazole at 2.9A resolution | ||||||
![]() | 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE FABG | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / FATTY ACID BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cukier, C.D. / Schnell, R. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of an Allosteric Inhibitor Binding Site in 3-Oxo-Acyl-Acp Reductase from Pseudomonas Aeruginosa 著者: Cukier, C.D. / Hope, A. / Elamin, A. / Moynie, L. / Schnell, R. / Schach, S. / Kneuper, H. / Singh, M. / Naismith, J. / Lindqvist, Y. / Gray, D. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 349.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 290.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1011.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4afnC ![]() 4ag3C ![]() 4bntC ![]() 4bnuC ![]() 4bnvC ![]() 4bnwSC ![]() 4bnxC ![]() 4bnyC ![]() 4bnzC ![]() 4bo0C ![]() 4bo1C ![]() 4bo2C ![]() 4bo3C ![]() 4bo4C ![]() 4bo5C ![]() 4bo6C ![]() 4bo7C ![]() 4bo8C C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28167.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O54438, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: 化合物 | 非ポリマーの詳細 | THE LIGAND 5-[2-(FURAN-2-YLMETHOXY)PHENYL]-2-PHENYLTETRAZOLE IS BOUND AT THE INTERFACES BETWEEN ...THE LIGAND 5-[2-(FURAN-2-YLMETHOXY)PHENYL]-2-PHENYLTETR | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.35 % / 解説: LIGAND FREE PDB |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.0, 1.1 M SODIUM MALONATE, 0.5% (V/V) JEFFAMINE ED-2001, 1MM 5-[2-(FURAN-2-YLMETHOXY)PHENYL]-2-PHENYLTETRAZOLE, FINAL PROTEIN CONCENTRATION 6.7 MG/ML |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月9日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSING GE(220) AND A MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→39.6 Å / Num. obs: 21289 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 54.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4BNW 解像度: 2.9→39.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 70.994 / SU ML: 0.579 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.553 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 77.562 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.63 Å
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拘束条件 |
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