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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bo8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG) from Pseudomonas aeruginosa in complex with 1-(2-amino-4- phenylimidazol-1-yl)-3-(2-fluorophenyl)urea at 2.7A resolution | ||||||
![]() | 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE FABG | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / FATTY ACID BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cukier, C.D. / Schnell, R. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of an Allosteric Inhibitor Binding Site in 3-Oxo-Acyl-Acp Reductase from Pseudomonas Aeruginosa 著者: Cukier, C.D. / Hope, A. / Elamin, A. / Moynie, L. / Schnell, R. / Schach, S. / Kneuper, H. / Singh, M. / Naismith, J. / Lindqvist, Y. / Gray, D. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 343.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 283.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1007.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1019.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4afnC ![]() 4ag3C ![]() 4bntC ![]() 4bnuC ![]() 4bnvC ![]() 4bnwSC ![]() 4bnxC ![]() 4bnyC ![]() 4bnzC ![]() 4bo0C ![]() 4bo1C ![]() 4bo2C ![]() 4bo3C ![]() 4bo4C ![]() 4bo5C ![]() 4bo6C ![]() 4bo7C ![]() 4bo9C C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28167.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O54438, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | 34X: THE LIGAND 1-(2-AMINO-4-PHENYLIMIDAZOL-1-YL)-3-(2- FLUOROPHENYL)UREA IS BOUND AT THE ...34X: THE LIGAND 1-(2-AMINO-4-PHENYLIMID | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.3 % / 解説: LIGAND FREE PDB |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 0.2 M SODIUM CHLORIDE, 2 M AMMONIUM SULPHATE, 1MM 1-(2-AMINO- 4-PHENYLIMIDAZOL-1-YL)-3-(2-FLUOROPHENYL)UREA, FINAL PROTEIN CONCENTRATION 5 MG/ML |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月9日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSING GE(220) AND A MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→37.08 Å / Num. obs: 23723 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4BNW 解像度: 2.7→37.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.814 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.793 / SU B: 34.653 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.47 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.599 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→37.11 Å
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拘束条件 |
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