PDB-4bjn: Crystal structure of the flax-rust effector AvrM-A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bjn

タイトル

Crystal structure of the flax-rust effector AvrM-A

要素

AVRM-A

キーワード

PROTEIN TRANSPORT /

FUNGAL PROTEINS (菌類) /

PLANT DISEASES (植物病理学) /

IMMUNITY / INNATE / MEMBRANE TRANSLOCATION /

PHOSPHATIDYLINOSITOL (ホスファチジルイノシトール) / STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP VIRULENCE FACTORS

機能・相同性

Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1680 / Flax-rust effector AvrM-A / Flax-rust effector AvrM, N-terminal domain / Flax-rust effector AvrM-A / Flax-rust effector AvrM N-terminal domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / AvrM-A

機能・相同性情報

生物種

MELAMPSORA LINI (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Ve, T. / Williams, S.J. / Kobe, B.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of the Flax-Rust Effector Avrm Reveal Insights Into the Molecular Basis of Plant-Cell Entry and Effector-Triggered Immunity
著者: Ve, T. / Williams, S.J. / Catanzariti, A.M. / Rafiqi, M. / Rahman, M. / Ellis, J.G. / Hardham, A.R. / Jones, D.A. / Anderson, P.A. / Dodds, P.N. / Kobe, B.

履歴

登録	2013年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bjn.cif.gz	700.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bjn.ent.gz	594.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bjn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/4bjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/4bjn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bjmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bjm-2 3f7f-4 3hxr-d 3f7f-2 4pdp-d 1r89-d 3u11-d 3g6h-d 1yom-d 1r8c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AVRM-A

B: AVRM-A

C: AVRM-A

D: AVRM-A

E: AVRM-A

F: AVRM-A

G: AVRM-A

H: AVRM-A

224 kDa, 8 ポリマー
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1

A: AVRM-A

B: AVRM-A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
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2

C: AVRM-A

D: AVRM-A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
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3

D: AVRM-A

C: AVRM-A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
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4

E: AVRM-A

H: AVRM-A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
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5

F: AVRM-A

G: AVRM-A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
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6

G: AVRM-A

F: AVRM-A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.990, 131.390, 280.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	AVRM-A 分子量: 27991.004 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 103-343 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MELAMPSORA LINI (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2MV52

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 50 MM BIS-TRIS PH 6.5, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 30% PENTA-ERYTHRITOL ETHOXYLATE (15/4 EO/OH)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.978508
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978508 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→65.7 Å / Num. obs: 48260 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 14.3 % / B_iso Wilson estimate: 89.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 14.7 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.9→49.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9427 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.375
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2489	2438	5.06 %	RANDOM
R_work	0.2073	-	-	-
obs	0.2094	48190	99.87 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.1901 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.2401 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.565 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13996	0	0	0	13996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	14165	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.98	18981	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		7086	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		437	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1968	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		14165	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.06
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.19
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1858	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		16174	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2843	198	5.61 %
R_work	0.2622	3330	-
all	0.2635	3528	-
obs	-	-	99.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9069	-0.1376	-0.0533	1.8771	0.1066	2.4794	-0.1273	-0.481	-0.0362	0.5408	0.0171	0.4885	-0.5442	-0.5378	0.1102	0.2	0.152	0.051	-0.1701	-0.0248	-0.304	35.3074	57.6106	324.203
2	1.7304	-0.1794	1.1244	2.5354	0.5035	3.7663	0.2774	0.3588	-0.3005	-0.5442	-0.1937	-0.0958	0.5247	0.4935	-0.0836	0.1223	0.152	-0.0064	-0.2859	-0.0262	-0.3029	41.1948	45.2095	294.942
3	1.621	-1.2088	0.7434	1.2861	-1.2647	3.065	-0.1776	-0.296	-0.0851	0.3395	0.2998	0.3155	-0.5059	-0.3694	-0.1222	-0.1551	0.0554	0.0063	-0.1863	0.0444	-0.0567	48.1929	15.1198	330.733
4	3.0321	-2.1616	1.3994	2.735	-2.0388	2.442	-0.0929	-0.2033	-0.5442	-0.1021	0.2863	0.5442	0.5442	-0.0293	-0.1933	-0.0735	0.0317	-0.0749	-0.304	0.055	0.0113	0.3647	50.9808	331.474
5	1.7248	0.0601	0.5812	1.2344	0.2569	3.7345	0.1823	-0.1665	-0.009	0.3508	0.0451	-0.1811	-0.1708	0.1905	-0.2274	-0.1288	-0.0309	0.0173	-0.1578	-0.0293	-0.1687	-37.8302	21.2179	336.58
6	2.6386	-1.4675	-0.0401	1.978	0.1218	1.23	0.298	-0.1078	-0.0151	-0.2516	-0.0696	-0.5442	0.1924	0.3785	-0.2284	-0.304	0.0032	-0.0016	-0.0403	-0.0383	0.0801	-37.1892	63.9537	300.666
7	1.4171	-0.1782	-0.6087	1.4309	0.2741	1.9923	0.2088	0.3173	0.3441	-0.1465	-0.1013	-0.0242	-0.1963	-0.0428	-0.1075	-0.2471	0.026	0.0004	-0.0156	0.0635	-0.0888	-8.4386	11.3687	300.429
8	0.7222	0.1786	0.256	2.9718	1.3384	3.8171	0.2069	0.3078	0.3913	-0.5442	-0.335	0.3001	-0.5442	-0.5442	0.1281	-0.182	0.152	0.022	-0.073	0.037	-0.2563	-48.1743	28.7235	307.501

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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