[日本語] English
万見
- PDB-4bim: CATALASE 3 FROM NEUROSPORA CRASSA IN TETRAGONAL FORM EXPOSES A MO... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bim
タイトルCATALASE 3 FROM NEUROSPORA CRASSA IN TETRAGONAL FORM EXPOSES A MODIFIED TETRAMERIC ORGANIZATION
要素CATALASE 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / PEROXIDASE / MODIFIED TETRAMER / LARGE SUBUNIT CATALASE
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase / Catalase active site ...Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase-3
類似検索 - 構成要素
生物種NEUROSPORA CRASSA (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Zarate-Romero, A. / Rudino-Pinera, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Conformational Stability and Crystal Packing: Polymorphism in Neurospora Crassa Cat-3
著者: Zarate-Romero, A. / Stojanoff, V. / Rojas-Trejo, S.P. / Hansberg, W. / Rudino-Pinera, E.
履歴
登録2013年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CATALASE 3
B: CATALASE 3
C: CATALASE 3
D: CATALASE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,6758
ポリマ－330,2094
非ポリマー2,4664
水5,441302
1
A: CATALASE 3
B: CATALASE 3
ヘテロ分子

A: CATALASE 3
B: CATALASE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,6758
ポリマ－330,2094
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area55430 Å2
ΔGint-277 kcal/mol
Surface area74350 Å2
手法PISA
2
C: CATALASE 3
D: CATALASE 3
ヘテロ分子

C: CATALASE 3
D: CATALASE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,6758
ポリマ－330,2094
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area53200 Å2
ΔGint-248.5 kcal/mol
Surface area81500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.508, 207.508, 137.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質
CATALASE 3


分子量: 82552.141 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-719 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NEUROSPORA CRASSA (菌類) / 株: 74-ORS23-1A / プラスミド: PCOLD1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9C169, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: MES 100 MM, PH 5.5, 50 % V/V MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV PLUS PLUS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月23日 / 詳細: OSMIC BLUE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→30 Å / Num. obs: 62655 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 69.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EJ6

3ej6


解像度: 2.95→29.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8548 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.555
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3044 3166 5.07 %RANDOM
Rwork0.2553 ---
obs0.2678 62443 98.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 76.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3768 Å20 Å20 Å2
2---4.3768 Å20 Å2
3---8.7535 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.677 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21335 0 172 302 21809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00922067HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1129990HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7438SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes602HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3285HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it22067HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.56
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2753SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact24455SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 213 4.95 %
Rwork0.2673 4088 -
all0.2703 4301 -
obs--98.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64590.1137-0.41951.4765-0.50090.1804-0.327-0.3263-0.60150.2410.12690.3936-0.0050.18670.2001-0.07010.18280.2125-0.14220.09960.125837.9508-70.681947.5215
21.29420.0213-0.21461.953-0.23580.1605-0.0810.2347-0.0926-0.25280.09651.02420.01860.0172-0.0155-0.24740.0729-0.1341-0.1927-0.03210.403117.2639-54.247628.8618
30.5125-0.7392-0.469700.23620.0611-0.1746-0.2062-0.04460.1427-0.09020.2580.0590.08340.2647-0.1251-0.24470.14390.0171-0.3040.236446.827-75.0812-15.6694
40.6352-0.0087-0.68810.306-0.27650.0365-0.0230.2378-0.00380.09490.03580.12930.0016-0.1152-0.0128-0.2334-0.1187-0.11320.1111-0.2810.16723.0136-61.4879-32.3227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る