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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bil | ||||||
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タイトル | Threading model of the T7 large terminase within the gp8gp19 complex | ||||||
![]() | DNA MATURASE B | ||||||
![]() | HYDROLASE / PACKAGING MOTOR / CONNECTOR / DNA TRANSLOCATION / ATPASE. | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 29 Å | ||||||
![]() | Dauden, M.I. / Martin-Benito, J. / Sanchez-Ferrero, J.C. / Pulido-Cid, M. / Valpuesta, J.M. / Carrascosa, J.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Large terminase conformational change induced by connector binding in bacteriophage T7. 著者: María I Daudén / Jaime Martín-Benito / Juan C Sánchez-Ferrero / Mar Pulido-Cid / José M Valpuesta / José L Carrascosa / ![]() 要旨: During bacteriophage morphogenesis DNA is translocated into a preformed prohead by the complex formed by the portal protein, or connector, plus the terminase, which are located at an especial prohead ...During bacteriophage morphogenesis DNA is translocated into a preformed prohead by the complex formed by the portal protein, or connector, plus the terminase, which are located at an especial prohead vertex. The terminase is a powerful motor that converts ATP hydrolysis into mechanical movement of the DNA. Here, we have determined the structure of the T7 large terminase by electron microscopy. The five terminase subunits assemble in a toroid that encloses a channel wide enough to accommodate dsDNA. The structure of the complete connector-terminase complex is also reported, revealing the coupling between the terminase and the connector forming a continuous channel. The structure of the terminase assembled into the complex showed a different conformation when compared with the isolated terminase pentamer. To understand in molecular terms the terminase morphological change, we generated the terminase atomic model based on the crystallographic structure of its phage T4 counterpart. The docking of the threaded model in both terminase conformations showed that the transition between the two states can be achieved by rigid body subunit rotation in the pentameric assembly. The existence of two terminase conformations and its possible relation to the sequential DNA translocation may shed light into the molecular bases of the packaging mechanism of bacteriophage T7. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 405.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 323.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53822.504 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 1-476 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: GP8GP19 COMPLEX OF BACTERIOPHAGE T7 / タイプ: VIRUS |
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緩衝液 | 名称: 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7, 300 MM NACL, 10 MM MGCL2, 1 MM ADP 5 MM DTT AND 20% (V/V) GLYCEROL pH: 7.4 詳細: 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7, 300 MM NACL, 10 MM MGCL2, 1 MM ADP 5 MM DTT AND 20% (V/V) GLYCEROL |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: uranyl acetate |
試料支持 | 詳細: CARBON |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2011年7月7日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 67000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.26 mm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 573 |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: EACH PLATE | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: COMMON LINES AND PROJECTION MATCHING / 解像度: 29 Å / 粒子像の数: 837 / ピクセルサイズ(実測値): 4.2 Å 詳細: 3CPE PDB WAS USED AS TEMPLATE FOR THE GENERATION OF THE THREADING MODEL OF GP19 WITHIN THE GP19GP8 COMPLEX SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2356. (DEPOSITION ID: 11615). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--THREADING MODEL | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3CPE Accession code: 3CPE / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 29 Å | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 29 Å
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