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- PDB-4bfe: Structure of the extracellular portion of mouse CD200RLa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bfe
タイトルStructure of the extracellular portion of mouse CD200RLa
要素CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD200 RECEPTOR 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / PAIRED RECEPTOR / IG DOMAINS / VIRAL MIMICRY / LEUKAEMIA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neuroinflammatory response / signaling receptor activity / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cell surface glycoprotein CD200 receptor / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Cell surface glycoprotein CD200 receptor / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Cell surface glycoprotein CD200 receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hatherley, D. / Lea, S.M. / Johnson, S. / Barclay, A.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structures of Cd200/Cd200 Receptor Family and Implications for Topology, Regulation, and Evolution
著者: Hatherley, D. / Lea, S.M. / Johnson, S. / Barclay, A.N.
履歴
登録2013年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22013年5月29日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD200 RECEPTOR 4
B: CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD200 RECEPTOR 4
C: CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD200 RECEPTOR 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,64231
ポリマ－73,0123
非ポリマー4,63028
水11,079615
1
A: CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD200 RECEPTOR 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7579
ポリマ－24,3371
非ポリマー1,4198
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD200 RECEPTOR 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,85310
ポリマ－24,3371
非ポリマー1,5159
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD200 RECEPTOR 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,03312
ポリマ－24,3371
非ポリマー1,69611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.590, 157.590, 167.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2068-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.27144, 0.91928, -0.28503), (-0.07914, 0.27383, 0.95852), (0.9592, 0.28274, -0.00158)14.82477, 35.66623, -52.97234
2given(-0.24956, -0.10291, 0.96288), (0.93669, 0.22655, 0.26699), (-0.24562, 0.96855, 0.03985)58.12469, -5.4725, -32.83457

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 18分子 ABC

#1: タンパク質 CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD200 RECEPTOR 4 / CD200 CELL SURFACE GLYCOPROTEIN RECEPTOR-LIKE 4 / CD200 RECEPTOR-LIKE 4 / CD200 CELL SURFACE ...CD200 CELL SURFACE GLYCOPROTEIN RECEPTOR-LIKE 4 / CD200 RECEPTOR-LIKE 4 / CD200 CELL SURFACE GLYCOPROTEIN RECEPTOR-LIKE A / CD200RLA / CELL SURFACE GLYCOPROTEIN OX2 RECEPTOR 4


分子量: 24337.213 Da / 分子数: 3 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 26-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PEE14 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): LEC3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q6XJV4
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 628分子

#3: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細NUMBERING IN THE PDB IS BASED ON THE START OF THE MATURE SEQUENCE, AS DETERMINED BY N-TERMINAL ...NUMBERING IN THE PDB IS BASED ON THE START OF THE MATURE SEQUENCE, AS DETERMINED BY N-TERMINAL SEQUENCING ON THE HOMOLOGUE MCD200R.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 2.0M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 0.2M SODIUM CHLORIDE, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→168.02 Å / Num. obs: 42242 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 56.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9526 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9332 / SU R Cruickshank DPI: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Blow DPI: 0.192 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.182
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2053 2115 5.07 %RANDOM
Rwork0.1714 ---
obs0.1731 41716 97.51 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2215 Å20 Å20 Å2
2---2.2215 Å20 Å2
3---4.4431 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.274 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4296 0 284 615 5195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014701HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.236456HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1626SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes110HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes674HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4701HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion704SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5121SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2911 137 4.6 %
Rwork0.2481 2840 -
all0.2501 2977 -
obs--97.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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