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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bfe | ||||||
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タイトル | Structure of the extracellular portion of mouse CD200RLa | ||||||
![]() | CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD200 RECEPTOR 4 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / PAIRED RECEPTOR / IG DOMAINS / VIRAL MIMICRY / LEUKAEMIA | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of neuroinflammatory response / signaling receptor activity / membrane => GO:0016020 / external side of plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hatherley, D. / Lea, S.M. / Johnson, S. / Barclay, A.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Cd200/Cd200 Receptor Family and Implications for Topology, Regulation, and Evolution 著者: Hatherley, D. / Lea, S.M. / Johnson, S. / Barclay, A.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 502.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 507.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 18分子 ABC![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 24337.213 Da / 分子数: 3 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 26-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() Variant (発現宿主): LEC3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q6XJV4 #2: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 4種, 628分子 ![](data/chem/img/CYS.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | NUMBERING IN THE PDB IS BASED ON THE START OF THE MATURE SEQUENCE, AS DETERMINED BY N-TERMINAL ...NUMBERING IN THE PDB IS BASED ON THE START OF THE MATURE SEQUENCE, AS DETERMINED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 2.0M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 0.2M SODIUM CHLORIDE, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→168.02 Å / Num. obs: 42242 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 56.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9526 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9332 / SU R Cruickshank DPI: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Blow DPI: 0.192 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.182
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原子変位パラメータ | Biso mean: 48.52 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.274 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
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