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- PDB-4bf3: ErpC, a member of the complement regulator acquiring family of su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bf3
タイトルErpC, a member of the complement regulator acquiring family of surface proteins from Borrelia burgdorfei, possesses an architecture previously unseen in this protein family.
要素ERPC
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CRASP4 / CRASP-4 / BBCRASP4 / BBCRASP-4 / COMPLEMENT / FACTOR H
機能・相同性
機能・相同性情報


Borrelia outer surface protein E/F / OspE-like superfamily / Borrelia outer surface protein E / Borrelia outer surface protein E/F / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Caesar, J.J.E. / Johnson, S. / Kraiczy, P. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Erpc, a Member of the Complement Regulator-Acquiring Family of Surface Proteins from Borrelia Burgdorferi, Possesses an Architecture Previously Unseen in This Protein Family.
著者: Caesar, J.J.E. / Johnson, S. / Kraiczy, P. / Lea, S.M.
履歴
登録2013年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERPC
B: ERPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0837
ポリマ－36,7722
非ポリマー3105
水43224
1
A: ERPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4482
ポリマ－18,3861
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ERPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6355
ポリマ－18,3861
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.520, 68.160, 76.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.016, -1, 0.015), (1, -0.016, -0.019), (0.019, 0.015, 1)
ベクター: -16.149, 16.157, 19.403)

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要素

#1: タンパク質 ERPC


分子量: 18386.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア)
株: B31-M1 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q44790
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINUS CONTAINS REMAINS OF 3C PROTEASE SITE USED FOR REMOVAL OF GST TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 27% (W/V) PEG 2000 MME, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→24.15 Å / Num. obs: 13663 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 60.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.37→24.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9423 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9315 / SU R Cruickshank DPI: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.292 / SU Rfree Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.217
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2302 675 4.95 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
obs0.1917 13623 99.37 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5211 Å20 Å20 Å2
2---8.4532 Å20 Å2
3---5.9321 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.319 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→24.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 20 24 2143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012140HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.182853HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d786SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes74HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes287HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2140HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion281SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2227SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.56 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 160 5.9 %
Rwork0.2079 2552 -
all0.2084 2712 -
obs--99.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7317-0.23881.10312.6261-0.01253.11740.22540.2322-0.2856-0.03060.0388-0.09250.26910.2056-0.2641-0.10680.0342-0.0372-0.1146-0.0361-0.1486-10.3383-17.829128.9522
22.80660.42610.05883.20081.03283.51330.07180.09380.1773-0.17860.1293-0.2864-0.17080.2437-0.2011-0.11020.0160.0439-0.1437-0.0188-0.09892.43285.143447.8828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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