PDB-4be9: Open conformation of O. piceae sterol esterase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4be9

タイトル

Open conformation of O. piceae sterol esterase

要素

STEROL ESTERASE

キーワード

HYDROLASE / OPHIOSTOMA

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

OPHIOSTOMA PICEAE (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gutierrez-Fernandez, J. / Vaquero, M.E. / Prieto, A. / Barriuso, J. / Gonzalez, M.J. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Ophiostoma Piceae Sterol Esterase: Structural Insights Into Activation Mechanism and Product Release.
著者: Gutierrez-Fernandez, J. / Vaquero, M.E. / Prieto, A. / Barriuso, J. / Martinez, M.J. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2013年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4be9.cif.gz	457.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4be9.ent.gz	375.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4be9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/4be9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/4be9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4be4C 4updC 1lpnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4upd-d 4pdc-d 6k76-d 6k5g-d 1lpp-2 1lpn-2 2b25-3 3fjg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: STEROL ESTERASE

B: STEROL ESTERASE

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.123, 164.123, 93.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB

#1: タンパク質

STEROL ESTERASE

分子量: 59213.535 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 13-549 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-ACETYLGLUCOSAMINE GLYCOSYLATIONS IN POSITIONS 362 AND 380
由来: (組換発現)

OPHIOSTOMA PICEAE (菌類) / 発現宿主:

KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: Q2TFW1, sterol esterase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 782分子

#3: 化合物	ChemComp-7P9 / [(2R)-2-heptanoyloxy-3-phosphonooxy-propyl] nonanoate 分子量: 424.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₇O₈P
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): COVALENTLY BOUND TO A-ASN362, A-ASN380 AND B-ASN362 RESPECTIVELY, BY ...N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): COVALENTLY BOUND TO A-ASN362, A-ASN380 AND B-ASN362 RESPECTIVELY, BY N-GLYCOSIDIC LINKAGES

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0.2 M SODIUM NITRATE, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97908
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.28 Å / Num. obs: 84190 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 27.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LPN

1lpn

解像度: 2→43.561 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE FIRST 8 AMINO ACIDS OF THE SAMPLE (EAEAYVEF) CORRESPOND TO A PURIFICATION TAG. THIS REGION IS MAINLY DISORDERED IN THE CRYSTAL.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2059	4204	5 %
R_work	0.1675	-	-
obs	0.1694	84172	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.224 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6444 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.6444 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.2889 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.561 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8251	0	212	765	9228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8743
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.051	11877
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.118	3136
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1323
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1527

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0228	0.2975	127	0.2697	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0228-2.0466	0.2755	144	0.2378	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0466-2.0715	0.2775	129	0.2073	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0715-2.0977	0.2627	131	0.2082	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1253	0.2495	144	0.1953	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1253-2.1545	0.236	131	0.1936	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1545-2.1852	0.2462	130	0.1888	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1852-2.2178	0.252	150	0.1815	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2178-2.2525	0.2592	143	0.1773	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.2894	0.2702	153	0.1822	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2894-2.3289	0.2091	119	0.1708	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3289-2.3713	0.1848	127	0.1666	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3713-2.4169	0.2435	139	0.1652	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4169-2.4662	0.2238	134	0.1709	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4662-2.5198	0.2263	148	0.1689	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.5784	0.2329	143	0.1649	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.6429	0.2107	144	0.1602	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6429-2.7143	0.2291	138	0.1572	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7143-2.7942	0.1967	163	0.1625	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7942-2.8844	0.2022	138	0.1516	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8844-2.9874	0.1877	134	0.1499	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9874-3.107	0.197	129	0.1591	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.107-3.2484	0.1742	149	0.1548	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2484-3.4196	0.2005	131	0.1589	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4196-3.6337	0.188	149	0.1595	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6337-3.9141	0.1969	146	0.1556	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9141-4.3077	0.1774	144	0.1487	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3077-4.9303	0.1777	154	0.1365	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9303-6.2088	0.1989	141	0.1816	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2088-43.571	0.1948	152	0.1953	2739	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 31.4231 Å / Origin y: 0.2326 Å / Origin z: 28.147 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.007 Å²	0.0846 Å²	0.0328 Å²	-	0.0676 Å²	-0.0178 Å²	-	-	0.0352 Å²
L	0.4222 °²	-0.074 °²	-0.0914 °²	-	0.4489 °²	0.127 °²	-	-	0.5376 °²
S	-0.0015 Å °	-0.2018 Å °	-0.0904 Å °	0.2746 Å °	0.0089 Å °	-0.0598 Å °	0.0889 Å °	0.0832 Å °	-0.0418 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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