PDB-4be5: V. cholera biofilm scaffolding protein RbmA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4be5

タイトル

V. cholera biofilm scaffolding protein RbmA

要素

RBMA

キーワード

CELL ADHESION / BACTERIAL COMMUNITY / SCAFFOLDING

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #3880 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

VIBRIO CHOLERAE MJ-1236 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Maestre-Reyna, M. / Wang, A.H.-J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural Insights Into Rbma, a Biofilm Scaffolding Protein of V. Cholerae.
著者: Maestre-Reyna, M. / Wu, W. / Wang, A.H.

履歴

登録	2013年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月8日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4be5.cif.gz	192.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4be5.ent.gz	155.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4be5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4be5_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4be5_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	4be5_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	4be5_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/4be5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/4be5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4be6C 4beiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ugo-d 4kkr-d 4ub3-d 6cr6-d 4rq2-d 6cr9-d 4klj-d 3rjf-d 6nky-d 4klf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RBMA

B: RBMA

ヘテロ分子

57.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.888, 118.888, 104.781
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2162- HOH

#1: タンパク質	RBMA 分子量: 28696.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE MJ-1236 (コレラ菌) Variant: SEROTYPE O1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3NSJ9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.82 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M BIS/TRIS, PH 6.5, 1.5 M NACL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.529
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月21日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: LN2-COOLED, FIXED-EXIT DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.529 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→50 Å / Num. obs: 27736 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 45.4
反射シェル	解像度: 2.46→2.5 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 9.74 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.46→24.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 11.366 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23434	1395	5 %	RANDOM
R_work	0.1828	-	-	-
obs	0.18543	26340	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.537 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→24.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3482	0	13	304	3799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	3653
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.947	4970
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.741	3	7854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.983	5	471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.171	25.854	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.357	15	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.182	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	831
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.462→2.525 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	92	-
R_work	0.25	1902	-
obs	-	-	98.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1229	0.1004	-0.0041	3.2621	-1.2515	1.2772	-0.0444	0.0925	0.0122	-0.3044	0.0885	0.0923	0.13	-0.1944	-0.0441	0.0644	-0.0324	-0.036	0.1149	0.006	0.0264	42.4781	22.5569	7.6166
2	0.4696	-0.0969	-0.0288	1.2349	0.6776	0.6899	0.0891	-0.0574	-0.0491	0.1599	-0.08	0.013	0.0686	0.0258	-0.0091	0.0673	-0.0097	0.0058	0.0804	0.0323	0.0234	69.0589	29.5967	29.8086
3	0.203	0.1564	-0.1191	1.2117	0.0363	0.3317	-0.0545	0.0541	-0.0271	-0.0222	-0.0103	0.0568	-0.04	0.0006	0.0648	0.0704	0.0004	0.007	0.0634	0.0274	0.0485	66.6584	32.8059	10.8858
4	0.2558	-0.0172	-0.2867	0.6331	-0.0628	0.3905	0.0161	0.025	0.0536	0.0257	-0.0257	-0.0001	0.0045	-0.0616	0.0096	0.0288	0.0104	0.0416	0.0675	-0.0025	0.119	41.5384	28.5398	26.7343
5	39.8312	8.4867	-13.9184	4.6374	0.9486	10.2811	-0.6403	2.0382	-0.3111	-0.3866	0.8089	-0.2793	-0.1307	-0.2169	-0.1687	0.1274	-0.0182	-0.016	0.1793	-0.0545	0.0492	53.7656	39.1486	-0.859
6	22.8736	3.7219	-6.8261	0.6428	-1.4194	4.6239	0.3051	-2.051	0.1323	0.0044	-0.3201	0.0227	0.2831	0.6374	0.015	0.0605	-0.0126	0.0279	0.2094	0.0405	0.1086	50.626	40.8057	37.2432

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	38 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	159 - 271
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	152 - 158
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	152 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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