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- PDB-4b9l: Structure of the high fidelity DNA polymerase I with the oxidativ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b9l
タイトルStructure of the high fidelity DNA polymerase I with the oxidative formamidopyrimidine-dA DNA lesion in the pre-insertion site.
要素
  • 5'-D(*CP*AP*GP*FAX*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*TP)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP)-3'
  • DNA POLYMERASE I
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / OXIDATIVE DNA LESION / DNA DAMAGE / TRANS LESION SYNTHESIS / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site ...DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Gehrke, T.H. / Lischke, U. / Arnold, S. / Schneider, S. / Carell, T.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Unexpected Non-Hoogsteen-Based Mutagenicity Mechanism of Fapy-DNA Lesions.
著者: Gehrke, T.H. / Lischke, U. / Gasteiger, K.L. / Schneider, S. / Arnold, S. / Muller, H.C. / Stephenson, D.S. / Zipse, H. / Carell, T.
履歴
登録2012年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22013年5月29日Group: Database references
改定 1.32013年7月3日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE I
B: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP)-3'
C: 5'-D(*CP*AP*GP*FAX*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8529
ポリマ－78,1023
非ポリマー7516
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-70.4 kcal/mol
Surface area27400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.528, 93.265, 106.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP)-3'


分子量: 2995.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*GP*FAX*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*TP)-3'


分子量: 4659.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE I


分子量: 70446.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS DSM NO. 22 / プラスミド: PDEST007 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: E1C9K5, DNA-directed DNA polymerase
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 232分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CHAIN C RESIDUES 1-3 AND 15 DISORDERED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.84 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→45.37 Å / Num. obs: 55071 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 25.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U45

1u45


解像度: 2.05→41.156 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2256 2758 5 %
Rwork0.1886 --
obs0.1905 54997 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.224 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.9087 Å20 Å20 Å2
2---3.1645 Å20 Å2
3----7.7442 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→41.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4653 432 44 227 5356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2127257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.612057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078821
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005863
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.08540.28491400.26072585X-RAY DIFFRACTION100
2.0854-2.12330.34521370.23942555X-RAY DIFFRACTION100
2.1233-2.16410.25861410.23072591X-RAY DIFFRACTION100
2.1641-2.20830.24311310.21472591X-RAY DIFFRACTION100
2.2083-2.25630.28271460.20592572X-RAY DIFFRACTION100
2.2563-2.30880.23591300.19542588X-RAY DIFFRACTION100
2.3088-2.36650.28191310.19942605X-RAY DIFFRACTION100
2.3665-2.43050.25081440.20572550X-RAY DIFFRACTION100
2.4305-2.5020.24861270.19832627X-RAY DIFFRACTION100
2.502-2.58270.24641420.2032583X-RAY DIFFRACTION100
2.5827-2.6750.251390.19572596X-RAY DIFFRACTION100
2.675-2.78210.23911340.20452605X-RAY DIFFRACTION100
2.7821-2.90870.25571370.20022615X-RAY DIFFRACTION100
2.9087-3.0620.24061360.21522614X-RAY DIFFRACTION100
3.062-3.25380.23361360.20092617X-RAY DIFFRACTION100
3.2538-3.50490.20731400.18182624X-RAY DIFFRACTION100
3.5049-3.85740.2051370.16592632X-RAY DIFFRACTION100
3.8574-4.4150.17131400.1492662X-RAY DIFFRACTION100
4.415-5.56020.18381410.15352672X-RAY DIFFRACTION100
5.5602-41.16420.20771490.18552755X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1580.01340.10280.30680.09410.2218-0.05740.2330.0191-0.22940.0930.0254-0.0253-0.09740.00020.2066-0.0393-0.00540.1772-0.00680.131-10.415718.4544-54.8968
20.3520.0914-0.00610.2383-0.23830.3329-0.0085-0.00120.0235-0.01390.0092-0.0114-0.03740.012-0.00010.1128-0.0122-0.00630.1212-0.00460.1152-8.763719.2957-40.4096
30.12510.0739-0.19380.2143-0.04280.2696-0.13870.0576-0.06240.34010.08830.12710.0926-0.2469-0.00050.34540.04870.03220.3073-0.02760.2031-38.89957.63-10.3903
40.1965-0.03350.00340.0834-0.02670.05750.04-0.0291-0.00340.0706-0.030.10230.05140.013-00.1277-0.0245-0.01690.1353-0.02150.1676-22.5070.4611-29.0924
50.28410.2236-0.08530.15480.00550.21550.04630.00660.14810.1610.09340.1338-0.1419-0.0330.00840.15510.02530.05640.10860.02880.1418-6.17531.063-3.2869
60.43630.2084-0.00680.4489-0.17990.14720.0624-0.0150.00970.1259-0.03180.0252-0.02390.0362-0.00010.1482-0.0097-0.00130.126-0.00890.1235-3.60074.396-20.249
70.0042-0.0027-0.00970.00330.00750.01720.0455-0.235-0.08520.13370.21920.0486-0.0167-0.0519-0.00010.2388-0.04920.03250.1756-0.00960.2038-22.1996-11.127-25.4083
80.0106-0.01350.01780.0679-0.06280.06020.02130.06670.0394-0.0386-0.00120.0824-0.07490.11790.07240.84940.23410.15860.60750.31590.5611-30.822625.4285-23.4434
90.0241-0.0209-0.00830.01810.00160.01480.00490.0591-0.1810.3449-0.02720.0862-0.22260.07680.00030.3702-0.0030.1030.19240.00640.2841-25.37259.5455-15.7761
100.043-0.0009-0.05040.0414-0.00830.05220.0460.00680.10820.2681-0.0131-0.0008-0.3136-0.1038-0.00010.30720.0277-0.02990.277-0.02960.2359-20.365312.7971-20.6937
110.093-0.0298-0.02650.01890.03620.0881-0.00890.03470.15920.09640.01220.047-0.1435-0.0833-0.00090.61310.55730.02280.31280.16150.4153-37.976420.7732-19.9443
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 297:368)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 369:494)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 495:585)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 586:654)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 655:732)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 733:868)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 869:876)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 1:4)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 5:10)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN C AND RESID 5:10)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 11:14)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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