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- PDB-4b7y: Crystal structure of the MSL1-MSL2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b7y
タイトルCrystal structure of the MSL1-MSL2 complex
要素
  • MALE-SPECIFIC LETHAL 1 HOMOLOG
  • MALE-SPECIFIC LETHAL 2 HOMOLOG
キーワードGENE REGULATION / DOSAGE COMPENSATION / CHROMATIN
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2B ubiquitin ligase activity / MSL complex / promoter-enhancer loop anchoring activity / protein monoubiquitination / epigenetic regulation of gene expression / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / HATs acetylate histones / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear speck ...histone H2B ubiquitin ligase activity / MSL complex / promoter-enhancer loop anchoring activity / protein monoubiquitination / epigenetic regulation of gene expression / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / HATs acetylate histones / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear speck / protein ubiquitination / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein male-specific lethal-1 / Protein male-specific lethal-1, dimerisation domain / E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, zinc RING finger / E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, CXC domain / E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / CXC domain of E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / zinc RING finger of MSL2 / Dimerisation domain of Male-specific-Lethal 1 / CXC MSL2-type domain profile. / PEHE domain ...Protein male-specific lethal-1 / Protein male-specific lethal-1, dimerisation domain / E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, zinc RING finger / E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, CXC domain / E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / CXC domain of E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / zinc RING finger of MSL2 / Dimerisation domain of Male-specific-Lethal 1 / CXC MSL2-type domain profile. / PEHE domain / PEHE domain profile. / PEHE domain / PEHE / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Male-specific lethal 1 homolog / E3 ubiquitin-protein ligase MSL2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Hallacli, E. / Lipp, M. / Georgiev, P. / Spielman, C. / Cusack, S. / Akhtar, A. / Kadlec, J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Msl1-Mediated Dimerization of the Dosage Compensation Complex is Essential for Male X-Chromosome Regulation in Drosophila.
著者: Hallacli, E. / Lipp, M. / Georgiev, P. / Spielman, C. / Cusack, S. / Akhtar, A. / Kadlec, J.
履歴
登録2012年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALE-SPECIFIC LETHAL 1 HOMOLOG
B: MALE-SPECIFIC LETHAL 1 HOMOLOG
C: MALE-SPECIFIC LETHAL 2 HOMOLOG
D: MALE-SPECIFIC LETHAL 2 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3868
ポリマ－36,1244
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.990, 100.990, 88.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.31605, -0.91222, 0.2607), (-0.93116, -0.35091, -0.09901), (0.1818, -0.21146, -0.96033)1.1169, -0.442, -9.7879
2given(0.32879, -0.90758, 0.26113), (-0.90336, -0.38287, -0.19325), (0.27537, -0.17236, -0.94576)0.60775, -1.92012, -13.00184

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MALE-SPECIFIC LETHAL 1 HOMOLOG / MSL1 / MSL-1 / MALE-SPECIFIC LETHAL 1-LIKE 1 / MSL1-LIKE 1 / MALE-SPECIFIC LETHAL-1 HOMOLOG 1


分子量: 4802.479 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 212-252 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q68DK7
#2: タンパク質 MALE-SPECIFIC LETHAL 2 HOMOLOG / MSL2 / MSL-2 / MALE-SPECIFIC LETHAL 2-LIKE 1 / MSL2-LIKE 1 / MALE-SPECIFIC LETHAL-2 HOMOLOG 1 / ...MSL2 / MSL-2 / MALE-SPECIFIC LETHAL 2-LIKE 1 / MSL2-LIKE 1 / MALE-SPECIFIC LETHAL-2 HOMOLOG 1 / RING FINGER PROTEIN 184


分子量: 13259.478 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-116 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q9HCI7
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.0 AND 1.6 M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93928
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→100 Å / Num. obs: 8433 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0116精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B86

4b86


解像度: 3.25→87.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 53.007 / SU ML: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.109 / ESU R Free: 0.459 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25966 424 5 %RANDOM
Rwork0.24448 ---
obs0.24527 8005 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20.22 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→87.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2260 0 4 0 2264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022292
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0421.9883096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7925282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.40526.5100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.47215437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.02156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 32 -
Rwork0.292 521 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.4622-7.16091.634513.0728-0.74794.7383-0.0177-0.57610.9374-0.6709-0.11560.2337-1.01450.06110.13330.4078-0.0573-0.14330.1428-0.07260.20229.9797-16.5741-1.953
221.212-9.57586.500911.86-3.15266.7621-0.1649-0.59730.9518-0.304-0.3015-0.0845-0.2649-0.22840.46640.313-0.03820.02340.102-0.10050.119425.6431-22.78381.3137
35.5784-0.70480.83793.04250.42287.5935-0.22720.56360.7023-0.3277-0.28440.1662-0.56530.32280.51170.1062-0.0561-0.05170.15370.01290.168629.0532-26.7095-15.9304
45.41160.93040.57023.0474-0.78395.7023-0.1636-0.25730.18450.5794-0.18610.5417-0.5169-0.24330.34970.4873-0.0341-0.03560.1035-0.15370.334533.1504-16.248912.9153
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A211 - 255
2X-RAY DIFFRACTION2B211 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 502
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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