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- PDB-4b4a: Structure of the TatC core of the twin arginine protein transloca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b4a
タイトルStructure of the TatC core of the twin arginine protein translocation system
要素SEC-INDEPENDENT PROTEIN TRANSLOCASE PROTEIN TATC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TAT SECRETION SYSTEM / PROTEIN TRANSLOCATION
機能・相同性Sec-independent periplasmic protein translocase TatC / Sec-independent periplasmic protein translocase, conserved site / Sec-independent protein translocase protein (TatC) / TatC family signature. / proton motive force dependent protein transmembrane transporter activity / TAT protein transport complex / protein transport by the Tat complex / intracellular protein transmembrane transport / Sec-independent protein translocase protein TatC
機能・相同性情報
生物種AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Rollauer, S.E. / Tarry, M.J. / Jaaskelainen, M. / Graham, J.E. / Jaeger, F. / Krehenbrink, M. / Roversi, P. / McDowell, M.A. / Stansfeld, P.J. / Johnson, S. ...Rollauer, S.E. / Tarry, M.J. / Jaaskelainen, M. / Graham, J.E. / Jaeger, F. / Krehenbrink, M. / Roversi, P. / McDowell, M.A. / Stansfeld, P.J. / Johnson, S. / Liu, S.M. / Lukey, M.J. / Marcoux, J. / Robinson, C.V. / Sansom, M.S. / Palmer, T. / Hogbom, M. / Berks, B.C. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the Tatc Core of the Twin-Arginine Protein Transport System.
著者: Rollauer, S.E. / Tarry, M.J. / Graham, J.E. / Jaaskelainen, M. / Jager, F. / Johnson, S. / Krehenbrink, M. / Liu, S. / Lukey, M.J. / Marcoux, J. / Mcdowell, M.A. / Rodriguez, F. / Roversi, P. ...著者: Rollauer, S.E. / Tarry, M.J. / Graham, J.E. / Jaaskelainen, M. / Jager, F. / Johnson, S. / Krehenbrink, M. / Liu, S. / Lukey, M.J. / Marcoux, J. / Mcdowell, M.A. / Rodriguez, F. / Roversi, P. / Stansfeld, P.J. / Robinson, C.V. / Sansom, M.S.P. / Palmer, T. / Hogbom, M. / Berks, B.C. / Lea, S.M.
履歴
登録2012年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22012年12月19日Group: Database references
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEC-INDEPENDENT PROTEIN TRANSLOCASE PROTEIN TATC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4282
ポリマ－28,4231
非ポリマー1,0051
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.520, 123.520, 216.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 SEC-INDEPENDENT PROTEIN TRANSLOCASE PROTEIN TATC / TATC


分子量: 28422.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ONE MOLECULE OF DETERGENT LMNG BOUND AT CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD
由来: (組換発現) AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): LEMO56DE3 / 参照: UniProt: O67305
#2: 化合物 ChemComp-LMN / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22 / コメント: 可溶化剤*YM
Has protein modificationY
配列の詳細C-TERMINAL ADDITIONAL TAG FROM VECTOR OF PGSENLYFQ FOLLOWING FULL TATC SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.78 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4
詳細: 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.02M NACL, 0.02M SODIUM ACETATE PH4.0, 33% V/V PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→15 Å / Num. obs: 7820 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 132.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSTHROUGH XIA2データ削減
AimlessTHROUGH XIA2データスケーリング
PHENIX.HYSS位相決定
autoSHARP位相決定
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.5→22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8553 / SU R Cruickshank DPI: 4.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.44 / SU Rfree Blow DPI: 0.479 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.497
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2882 386 4.89 %RANDOM
Rwork0.2518 ---
obs0.2535 7900 96.29 %-
原子変位パラメータBiso mean: 159.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.3276 Å20 Å20 Å2
2---18.3276 Å20 Å2
3---36.6553 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.92 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1804 0 69 0 1873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012007HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.272808HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d670SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes19HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes266HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2007HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.18
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion267SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2308SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.91 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 126 5.78 %
Rwork0.2399 2053 -
all0.2404 2179 -
obs--96.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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