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- PDB-4b3l: Family 1 6-phospho-beta-D glycosidase from Streptococcus pyogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b3l
タイトルFamily 1 6-phospho-beta-D glycosidase from Streptococcus pyogenes
要素BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE / CARBOHYDRATE-ACTIVE ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Stepper, J. / Dabin, J. / Ekloef, J.M. / Thongpoo, P. / Kongsaeree, P.T. / Taylor, E.J. / Turkenburg, J.P. / Brumer, H. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure and Activity of the Streptococcus Pyogenes Family Gh1 6-Phospho Beta-Glycosidase Spy1599
著者: Stepper, J. / Dabin, J. / Ekloef, J.M. / Thongpoo, P. / Kongsaeree, P.T. / Taylor, E.J. / Turkenburg, J.P. / Brumer, H. / Davies, G.J.
履歴
登録2012年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE
B: BETA-GLUCOSIDASE
C: BETA-GLUCOSIDASE
D: BETA-GLUCOSIDASE
E: BETA-GLUCOSIDASE
F: BETA-GLUCOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,2436
ポリマ－330,2436
非ポリマー00
水30617
1
A: BETA-GLUCOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0411
ポリマ－55,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BETA-GLUCOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0411
ポリマ－55,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: BETA-GLUCOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0411
ポリマ－55,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: BETA-GLUCOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0411
ポリマ－55,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: BETA-GLUCOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0411
ポリマ－55,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: BETA-GLUCOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0411
ポリマ－55,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.830, 198.040, 107.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12E
22F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A3 - 463
2113B3 - 463
3113C3 - 463
4113D3 - 463
1126E3 - 463
2126F3 - 463

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.491, -0.04, -0.87), (-0.039, -0.999, 0.024), (-0.87, 0.022, -0.492)50.89301, 50.62036, 85.19722
2given(-0.999, 0.009, 0.031), (-0.014, -0.987, -0.163), (0.029, -0.163, 0.986)9.30869, 49.0272, 4.11664
3given(-0.485, 0.176, -0.857), (0.045, 0.983, 0.177), (0.874, 0.047, -0.485)50.56327, 1.51357, 75.3611
4given(-0.5, 0.037, 0.865), (0.179, 0.982, 0.062), (-0.847, 0.185, -0.498)-37.34318
5given(0.55, -0.186, 0.814), (-0.175, -0.979, -0.106), (0.817, -0.084, -0.571)-37.05718

-
要素

#1: タンパク質
BETA-GLUCOSIDASE / 6-PHOSPHO BETA-GLYCOSIDASE


分子量: 55040.555 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
株: M1 GAS, SF370 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q99YP9, beta-glucosidase, 6-phospho-beta-glucosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GENBANK AAK34377.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M BIS TRIS PROPANE PH 7.5, 20% PEG 3350, 0.2 M NAF

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器日付: 2011年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→99.02 Å / Num. obs: 134562 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.51→2.58 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0025精密化
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OD0

1od0


解像度: 2.51→94.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 9.966 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26139 6762 5 %RANDOM
Rwork0.20486 ---
obs0.20767 127798 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.303 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20.1 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→94.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22602 0 0 17 22619
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.92531824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.987338014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.88252760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.39423.7251224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.846153552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.57115132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.23228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02118546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.025216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2704tight positional0.040.05
12B2704tight positional0.040.05
13C2704tight positional0.040.05
14D2704tight positional0.040.05
11A3642loose positional0.045
12B3642loose positional0.055
13C3642loose positional0.055
14D3642loose positional0.045
21E6316loose positional0.355
22F6316loose positional0.355
11A2704tight thermal3.940.5
12B2704tight thermal4.110.5
13C2704tight thermal4.420.5
14D2704tight thermal4.220.5
11A3642loose thermal4.6110
12B3642loose thermal5.0510
13C3642loose thermal5.310
14D3642loose thermal5.1810
21E6316loose thermal4.8710
22F6316loose thermal4.8710
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.575 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 471 -
Rwork0.337 9457 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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