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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b2j | ||||||
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タイトル | COMPLEXES OF DODECIN WITH FLAVIN AND FLAVIN-LIKE LIGANDS | ||||||
![]() | DODECIN | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / INCORPORATION / INCORPORATION OF ARTIFICIAL (NON-CANONICAL) AMINO ACIDS / PROTEIN REACTION CONTROL | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Staudt, H. / Hoesl, M. / Dreuw, A. / Serdjukow, S. / Oesterhelt, D. / Budisa, N. / Wachtveitl, J. / Grininger, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Directed Manipulation of a Flavoprotein Photocycle. 著者: Staudt, H. / Hoesl, M.G. / Dreuw, A. / Serdjukow, S. / Oesterhelt, D. / Budisa, N. / Wachtveitl, J. / Grininger, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 721.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 723 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 8531.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: TRYPTOPHAN 36 EXCHANGED BY 4F-FLUOROTRYPTOPHAN, RIBOFLAVIN BOUND 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 93分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/RBF.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/RBF.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 化合物 | ChemComp-RBF / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, PEG 400 30% (V/V), 2.5 M NACL, 0.2 M MGCL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 10355 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2CCC 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.82 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.198 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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