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万見
- PDB-4b23: Unprecedented sculpting of DNA at abasic sites by DNA glycosylase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b23
タイトルUnprecedented sculpting of DNA at abasic sites by DNA glycosylase homolog Mag2
要素
  • 5'-D(*CP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP*(3DR)P*AP*AP*TP*CP*GP)-3'
  • MAG2, DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE 2
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / HYDROLASE / HELIX-HAIRPIN-HELIX DNA GLYCOSYLASE HOMOLOGUE
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylated DNA binding / DNA-(abasic site) binding / base-excision repair, AP site formation / protein-DNA complex / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Endonuclease Iii, domain 2 - #40 / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / : / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 ...Endonuclease Iii, domain 2 - #40 / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / : / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Alkylbase DNA glycosidase-like protein mag2
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dalhus, B. / Nilsen, L. / Korvald, H. / Huffman, J. / Forstrom, R.J. / McMurray, C.T. / Alseth, I. / Tainer, J.A. / Bjoras, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Sculpting of DNA at Abasic Sites by DNA Glycosylase Homolog Mag2.
著者: Dalhus, B. / Nilsen, L. / Korvald, H. / Huffman, J. / Forstrom, R.J. / Mcmurray, C.T. / Alseth, I. / Tainer, J.A. / Bjoras, M.
履歴
登録2012年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAG2, DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE 2
X: 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP*(3DR)P*AP*AP*TP*CP*GP)-3'
Y: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9603
ポリマ－32,9603
非ポリマー00
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-21.6 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.480, 84.520, 125.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2098-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MAG2, DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE 2 / 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSIDASE 2 / 3MEA DNA GLYCOSYLASE 2


分子量: 26362.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O94468, DNA-3-methyladenine glycosylase II
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP*(3DR)P*AP*AP*TP*CP*GP)-3' / ABASIC DNA


分子量: 3209.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量: 3389.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CRYSTALLIZED PROTEIN CONTAIN N-TERMINAL UNCLEAVED HEXSAHISTIDINE TAG (MGSSHHHHHSSGLVPRGSH)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.40 M (NH4) H2PO4 (NOT PH ADJUSTED), 6% 1,6-HEXANEDIOL

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RAXIS IV / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22272 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→50 Å / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2898 1087 4.3 %RANDOM
Rwork0.2481 ---
obs0.2481 21185 88.4 %-
溶媒の処理Bsol: 51.11 Å2 / ksol: 0.3845 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.875 Å20 Å20 Å2
2--3.577 Å20 Å2
3---3.299 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.29 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1646 437 0 208 2291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0063
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.185
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.12.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 111 4.8 %
Rwork0.298 2187 -
obs--91.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAMCNS_TOPPAR:PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP-CUSTOM.PARAMDNA-RNA-CUSTOM.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAMCNS_TOPPAR:WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ION.PARAMCNS_TOPPAR:ION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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