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- PDB-4azv: Co-crystal structure of WbdD and kinase inhibitor GW435821x. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4azv
タイトルCo-crystal structure of WbdD and kinase inhibitor GW435821x.
要素WBDD
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3-O-phospho-polymannosyl GlcNAc-diphospho-ditrans,octacis-undecaprenol 3-phospho-methyltransferase / polymannosyl GlcNAc-diphospho-ditrans,octacis-undecaprenol kinase / O antigen biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation / protein kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / O-antigen chain terminator bifunctional methyltransferase/kinase WbdD
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.291 Å
データ登録者Hagelueken, G. / Huang, H. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Structure of Wbdd; a Bifunctional Kinase and Methyltransferase that Regulates the Chain Length of the O Antigen in Escherichia Coli O9A.
著者: Hagelueken, G. / Huang, H. / Clarke, B.R. / Lebl, T. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22013年2月6日Group: Atomic model
改定 2.02025年4月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WBDD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8817
ポリマ－65,0631
非ポリマー8186
水00
1
A: WBDD
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)790,57484
ポリマ－780,75612
非ポリマー9,81872
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
Buried area44190 Å2
ΔGint-757.2 kcal/mol
Surface area204950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.320, 159.320, 159.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 WBDD


分子量: 65063.023 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-556 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 遺伝子: ORF708 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47592
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→112.8 Å / Num. obs: 10923 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 84.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.291→112.656 Å / SU ML: 0.81 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 499 4.8 %
Rwork0.2225 --
obs0.2245 10374 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.4 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.291→112.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3595 0 48 0 3643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3565167
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5421389
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007674
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2907-3.62190.28281330.24782437X-RAY DIFFRACTION100
3.6219-4.1460.2671170.21312442X-RAY DIFFRACTION100
4.146-5.22360.23371360.1872445X-RAY DIFFRACTION100
5.2236-112.72230.28311130.24372551X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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