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- PDB-4azs: High resolution (2.2 A) crystal structure of WbdD. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4azs
タイトルHigh resolution (2.2 A) crystal structure of WbdD.
要素METHYLTRANSFERASE WBDD
キーワードTRANSFERASE / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3-O-phospho-polymannosyl GlcNAc-diphospho-ditrans,octacis-undecaprenol 3-phospho-methyltransferase / polymannosyl GlcNAc-diphospho-ditrans,octacis-undecaprenol kinase / O antigen biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation / protein kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / S-ADENOSYLMETHIONINE / O-antigen chain terminator bifunctional methyltransferase/kinase WbdD
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hagelueken, G. / Huang, H. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Structure of Wbdd; a Bifunctional Kinase and Methyltransferase that Regulates the Chain Length of the O Antigen in Escherichia Coli O9A.
著者: Hagelueken, G. / Huang, H. / Clarke, B.R. / Lebl, T. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHYLTRANSFERASE WBDD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,93616
ポリマ－65,0631
非ポリマー1,87315
水3,405189
1
A: METHYLTRANSFERASE WBDD
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)803,235192
ポリマ－780,75612
非ポリマー22,479180
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
Buried area69650 Å2
ΔGint-2000.5 kcal/mol
Surface area202760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.220, 159.220, 159.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1480-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 METHYLTRANSFERASE WBDD


分子量: 65063.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: O9A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47592

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非ポリマー , 5種, 204分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→65 Å / Num. obs: 36526 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3.2 / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.056 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22168 1825 5 %RANDOM
Rwork0.17638 ---
obs0.1786 34701 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.632 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3595 0 107 189 3891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.023843
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6791.9715247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7923.0018126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0165452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.06124.216204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.1315609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2371526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02934
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 124 -
Rwork0.212 2405 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61750.186-0.01670.776-0.35461.0930.0136-0.01650.0109-0.01870.02410.01020.0098-0.0629-0.03770.08240.0058-0.00090.0981-0.01680.08699.41-39.666-16.573
22.88660.16330.62221.0906-1.08442.6767-0.103-0.1935-0.02670.15160.0707-0.1283-0.10350.15930.03230.12860.0217-0.02010.12720.01480.109624.38-51.1855.688
31.0783-0.26641.63461.2929-0.18872.9342-0.0536-0.03110.0309-0.08160.110.059-0.2173-0.3398-0.05640.12760.0723-0.03610.26480.07310.10730.829-56.37630.053
410.05470.130612.816821.250611.52722.441-0.06340.3750.04710.3032-0.50431.06290.12010.21460.56770.08810.0946-0.11310.3424-0.08830.343733.607-42.437.949
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2A222 - 316
3X-RAY DIFFRACTION3A317 - 464
4X-RAY DIFFRACTION4A465 - 473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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