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- PDB-4azl: In meso structure of alginate transporter, AlgE, from Pseudomoas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4azl
タイトルIn meso structure of alginate transporter, AlgE, from Pseudomoas aeruginosa, PAO1, crystal form 2.
要素ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


alginic acid biosynthetic process / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Porin - #100 / Alginate export domain / Alginate export / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / Alginate production protein AlgE
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tan, J. / Pye, V.E. / Aragao, D. / Caffrey, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A Conformational Landscape for Alginate Secretion Across the Outer Membrane of Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Tan, J. / Rouse, S.L. / Li, D. / Pye, V.E. / Vogeley, L. / Brinth, A.R. / El Arnaout, T. / Whitney, J.C. / Howell, P.L. / Sansom, M.S.P. / Caffrey, M.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Database references
改定 1.32014年8月13日Group: Database references
改定 1.42015年9月30日Group: Database references
改定 1.52023年3月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 18-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 19-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 18-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 19-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
B: ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,56717
ポリマ－102,3992
非ポリマー4,16815
水88349
1
A: ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1268
ポリマ－51,2001
非ポリマー1,9277
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4419
ポリマ－51,2001
非ポリマー2,2418
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.090, 245.760, 47.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND RESSEQ 41:70 OR CHAIN A AND RESSEQ...
211CHAIN B AND RESSEQ 41:70 OR CHAIN B AND RESSEQ...

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2006, -0.9767, 0.07659), (-0.01335, 0.07545, 0.9971), (-0.9796, -0.2011, 0.002101)
ベクター: 28.04, 82.8, -34.78)

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要素

#1: タンパク質 ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE / ALGE


分子量: 51199.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 解説: HOLLOWAY COLLECTION / プラスミド: ALGE-PET200/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P18895
#2: 化合物
ChemComp-78M / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL


分子量: 314.460 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-78N / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL (2R)


分子量: 314.460 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細(2RS)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE (78M/78N) ALKANE CHAINS WERE MODELLED AS 78M, BUT ...(2RS)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE (78M/78N) ALKANE CHAINS WERE MODELLED AS 78M, BUT COULD POSSIBLY BE OTHER DETERGENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 1.2 M SODIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月5日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.9 Å / Num. obs: 23738 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 36.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RBH

3rbh


解像度: 2.8→44.889 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2803 1215 5.1 %
Rwork0.2371 --
obs0.2393 23738 93.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 14.245 Å2 / ksol: 0.296 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3652 Å20 Å2-0.6168 Å2
2--5.2082 Å20 Å2
3----1.8429 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6701 0 191 49 6941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067048
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2189488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2792555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085952
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051252
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2774X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2774X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.91210.36541210.32252556X-RAY DIFFRACTION95
2.9121-3.04460.39371510.30772551X-RAY DIFFRACTION95
3.0446-3.20510.3621350.28052521X-RAY DIFFRACTION95
3.2051-3.40580.27521250.23362558X-RAY DIFFRACTION95
3.4058-3.66870.2631220.21882504X-RAY DIFFRACTION94
3.6687-4.03770.27391520.21362488X-RAY DIFFRACTION94
4.0377-4.62140.21761250.18942509X-RAY DIFFRACTION93
4.6214-5.82050.22771480.20832454X-RAY DIFFRACTION92
5.8205-44.89510.29681360.27382382X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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