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- PDB-4atk: MITF:E-box complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4atk
タイトルMITF:E-box complex
要素
  • 5'-D(*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*T)-3'
  • MICROPHTHALMIA-ASSOCIATED TRANSCRIPTION FACTOR
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA-BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION FACTOR / MELANOMA
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of transcription factors / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / melanocyte apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of osteoclast differentiation / melanocyte differentiation / bone remodeling / camera-type eye development / pigmentation ...SUMOylation of transcription factors / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / melanocyte apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of osteoclast differentiation / melanocyte differentiation / bone remodeling / camera-type eye development / pigmentation / E-box binding / cell fate commitment / osteoclast differentiation / negative regulation of cell migration / Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein-containing complex assembly / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / lysosomal membrane / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. ...MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Microphthalmia-associated transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Pogenberg, V. / Deineko, V. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2012
タイトル: Restricted Leucine Zipper Dimerization and Specificity of DNA Recognition of the Melanocyte Master Regulator Mitf
著者: Pogenberg, V. / Hogmundsdottir, M. / Bergsteinsdottir, K. / Schepsky, A. / Phung, B. / Deineko, V. / Milewski, M. / Steingrimsson, E. / Wilmanns, M.
履歴
登録2012年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MICROPHTHALMIA-ASSOCIATED TRANSCRIPTION FACTOR
B: MICROPHTHALMIA-ASSOCIATED TRANSCRIPTION FACTOR
C: 5'-D(*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9834
ポリマ－37,9834
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-36.8 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.420, 45.090, 110.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 136.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MICROPHTHALMIA-ASSOCIATED TRANSCRIPTION FACTOR / MITF


分子量: 14093.230 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 180-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q08874
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*T)-3' / E-BOX SEQUENCE


分子量: 4898.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
配列の詳細ISOFORM A2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.09 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9535
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9535 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: H+2L, -K, -L / Fraction: 0.488
反射解像度: 2.95→55 Å / Num. obs: 10446 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ATH

4ath


解像度: 2.95→26.072 Å / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.51 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 521 5.1 %
Rwork0.2534 --
obs0.2551 10312 92.69 %
溶媒の処理減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.048 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 75.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2536 Å20 Å21.0151 Å2
2---3.9941 Å20 Å2
3---4.2476 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→26.072 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1003 650 0 0 1653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.49740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9573-3.2520.431110.50292341X-RAY DIFFRACTION86
3.252-3.71580.27791170.26032495X-RAY DIFFRACTION92
3.7158-4.65650.26531280.22262505X-RAY DIFFRACTION92
4.6565-14.66210.25441340.21192396X-RAY DIFFRACTION85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.47050.1151-3.85561.95520.30825.16480.1709-0.55770.29970.4212-0.1805-0.0719-0.7826-0.19050.28810.40810.0156-0.22670.3185-0.03990.226527.023914.470914.424
26.8399-0.2039-0.24620.21920.14120.0928-0.10410.5893-0.2026-0.8569-0.08330.82160.8809-1.41890.15290.7537-0.2339-0.23650.8180.03390.474623.11257.8334-6.4901
38.0357-2.6843-5.86481.4672.1984.72460.28150.3003-0.1908-0.0295-0.2244-0.2142-0.4117-0.11170.00060.17750.0345-0.10190.10240.08690.272639.74872.7895-5.1597
41.64391.0110.00220.8895-0.27731.32410.1742-0.4642-0.5051-0.0787-0.12910.10260.3191-0.3850.09990.1564-0.0675-0.05420.21410.06390.167821.9942-1.252810.1444
53.2622.17894.05485.33471.495.42260.0583-1.0318-0.15240.79790.3477-1.27520.08711.7694-0.04410.42570.023-0.20490.60290.04080.371744.71673.711613.889
62.54830.4128-0.59731.1282-0.53991.4904-0.1756-0.34380.06180.1091-0.1224-0.206-0.48320.35130.03650.2823-0.0032-0.19080.09860.03560.144939.782310.29474.437
71.5595-1.31261.10561.1558-1.18571.93520.2798-0.4267-0.22610.0825-0.0540.18590.4304-0.16510.17920.2509-0.0446-0.9360.8141-0.03560.281719.00635.2718.2257
81.8239-0.12460.31680.9921-0.63641.8708-0.1082-0.18390.078-0.06580.06070.142-0.3243-0.41030.00030.334-0.074-0.79150.7958-0.14680.196718.1397.725617.9625
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 207:230)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 231:242)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 243:268)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 205:230)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 231:242)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 243:259)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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