PDB-4ath: MITF apo structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ath

タイトル

MITF apo structure

要素

MICROPHTHALMIA-ASSOCIATED TRANSCRIPTION FACTOR

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION FACTOR / MELANOMA

機能・相同性

機能・相同性情報

melanocyte apoptotic process / SUMOylation of transcription factors / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of osteoclast differentiation / melanocyte differentiation / bone remodeling / camera-type eye development / pigmentation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Pogenberg, V. / Milewski, M. / Wilmanns, M.

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2012
タイトル: Restricted Leucine Zipper Dimerization and Specificity of DNA Recognition of the Melanocyte Master Regulator Mitf
著者: Pogenberg, V. / Hogmundsdottir, M. / Bergsteinsdottir, K. / Schepsky, A. / Phung, B. / Deineko, V. / Milewski, M. / Steingrimsson, E. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2012年5月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月19日	Group: Database references
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ath.cif.gz	89.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ath.ent.gz	70.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ath.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ath_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ath_full_validation.pdf.gz	433 KB	表示
XML形式データ	4ath_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	4ath_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/4ath ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/4ath	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4atiC 4atkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fbz-4 2ffw-d 3fbz-2 6svs-1 5yma-d 2qld-d 2ifu-4 3514 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (4) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (4)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (5)

登録構造単位

A: MICROPHTHALMIA-ASSOCIATED TRANSCRIPTION FACTOR

B: MICROPHTHALMIA-ASSOCIATED TRANSCRIPTION FACTOR

ヘテロ分子

20.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.375, 39.891, 55.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MICROPHTHALMIA-ASSOCIATED TRANSCRIPTION FACTOR / MITF 分子量: 9993.066 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 217-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q08874
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	ISOFORM A2 SEQUENCE

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.89 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 1.5 M AMMONIUM SULFATE AND 150 MM SODIUM ACETATE (PH 5.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.965
検出器	タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 詳細: MULTILAYER MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→45 Å / Num. obs: 14742 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.95→49.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 8.492 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22778	733	5 %	RANDOM
R_work	0.19399	-	-	-
obs	0.19566	13993	96.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.966 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	2.2 Å²
2-	-	-0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1329	0	25	153	1507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.148	1.968	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.258	5	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.861	23.21	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.758	15	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.156	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.586	1.5	837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.089	2	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.033	3	606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.316	4.5	591
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	54	-
R_work	0.295	887	-
obs	-	-	83.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.64	-0.4839	-0.6923	0.9923	0.7206	1.3982	-0.0071	0.7093	-0.3807	-0.1749	-0.0393	-0.1522	0.3491	0.22	0.0465	0.3471	0.078	0.0398	0.3459	0.0477	0.2167	50.1701	33.2246	-24.949
2	1.9689	-0.1198	-0.4138	0.1108	0.075	0.3057	0.1271	0.5923	0.9494	-0.1329	0.0243	-0.1078	-0.227	0.042	-0.1514	0.34	-0.0204	0.0107	0.4574	0.2167	0.5504	47.2862	48.7783	-24.6934
3	5.4925	0.2291	-1.2043	2.427	-0.3032	3.2741	0.0972	0.0821	0.5601	-0.1376	0.0314	-0.0928	-0.1178	0.1556	-0.1286	0.131	0.027	-0.0191	0.1355	0.0454	0.2119	45.2965	43.4263	-13.9358
4	10.0675	0.7956	-2.1143	0.2449	0.0668	1.0066	0.0031	-0.3123	0.4732	0.0583	0.0369	0.1034	-0.1139	0.0395	-0.0401	0.1969	0.0335	0.0051	0.1777	0.0018	0.2375	26.7647	41.2781	-3.8945
5	8.8826	0.2839	-0.1918	1.7892	-0.0681	1.9361	-0.094	-0.342	0.0017	0.0444	0.0227	0.03	0.087	0.0553	0.0713	0.1524	0.0024	0.015	0.0613	0.0063	0.1652	1.859	36.0514	0.1379
6	5.8482	1.5302	-0.6029	2.37	-1.17	2.3575	0.0682	0.4492	0.4762	-0.3848	-0.0396	-0.5904	-0.1484	0.5979	-0.0286	0.3078	-0.0209	0.1255	0.245	-0.0495	0.4214	59.8504	38.6369	-15.3389
7	2.4441	-0.5246	-0.1163	1.3553	0.0825	1.2516	0.0596	0.1558	-0.1653	-0.0891	-0.0129	0.0505	0.1487	0.0466	-0.0466	0.1509	0.0032	-0.0041	0.1185	-0.0234	0.1197	45.1127	30.3138	-12.938
8	7.8874	-2.5071	-2.4269	0.8713	0.7661	0.8513	0.1316	0.4329	0.0532	-0.1462	-0.0988	-0.0657	0.0396	-0.0258	-0.0329	0.219	0.0135	0.0016	0.1742	0.0027	0.1857	20.1569	42.2475	-11.5684
9	8.5505	-1.089	-2.0746	3.6963	0.628	4.5769	-0.0013	-0.2331	0.139	0.216	0.021	0.2695	-0.0067	-0.2062	-0.0197	0.1282	-0.0101	-0.0266	0.0245	0	0.1261	-3.1843	45.7137	0.8487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	216 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	230 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	243 - 259
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	260 - 271
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	272 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	214 - 225
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	226 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	260 - 276
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	277 - 295

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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