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- PDB-4at2: The crystal structure of 3-ketosteroid-delta4-(5alpha)-dehydrogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4at2
タイトルThe crystal structure of 3-ketosteroid-delta4-(5alpha)-dehydrogenase from Rhodococcus jostii RHA1 in complex with 4-androstene-3,17- dione
要素3-KETOSTEROID-DELTA4-5ALPHA-DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / STEROID CATABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-CH group of donors / steroid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-ANDROSTENE-3-17-DIONE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Possible succinate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOCOCCUS JOSTII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.6 Å
データ登録者van Oosterwijk, N. / Knol, J. / Dijkhuizen, L. / van der Geize, R. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of 3-Ketosteroid-{Delta}4-(5Alpha)-Dehydrogenase from Rhodococcus Jostii Rha1 Genome.
著者: Van Oosterwijk, N. / Knol, J. / Dijkhuizen, L. / Van Der Geize, R. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2012年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-KETOSTEROID-DELTA4-5ALPHA-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1914
ポリマ－54,0841
非ポリマー1,1073
水11,115617
1
A: 3-KETOSTEROID-DELTA4-5ALPHA-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: 3-KETOSTEROID-DELTA4-5ALPHA-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,3828
ポリマ－108,1672
非ポリマー2,2156
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area8530 Å2
ΔGint-45.8 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.778, 116.082, 110.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2179-

HOH

21A-2391-

HOH

31A-2394-

HOH

41A-2418-

HOH

詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS UNDETERMINED BY THE AUTHOR

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要素

#1: タンパク質 3-KETOSTEROID-DELTA4-5ALPHA-DEHYDROGENASE


分子量: 54083.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RHODOCOCCUS JOSTII (バクテリア) / 株: RHA1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0S4Q9, EC: 1.3.99.5
#2: 化合物 ChemComp-ASD / 4-ANDROSTENE-3-17-DIONE / アンドロステンジオン


分子量: 286.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26O2 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細TWO POINT MUTATIONS, COMPARED TO THE DATABASE SEQUENCE, WERE FOUND IN THE STRUCTURE. A60T AND ...TWO POINT MUTATIONS, COMPARED TO THE DATABASE SEQUENCE, WERE FOUND IN THE STRUCTURE. A60T AND T160A, AND CONFIRMED BY SEQUENCING OF THE CONSTRUCT. A HIS6-TAG AND LINKER, MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH, WAS ADDED TO THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED FROM 200 MM AMMONIUM ACETATE, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.6 AND 30%(W/V) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→51.35 Å / Num. obs: 80072 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.88 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.28 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 74.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→51.367 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.27 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1806 4018 5.08 %RANDOM
Rwork0.1593 ---
obs0.16 80066 95.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.916 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.418 Å20 Å20 Å2
2--0.173 Å20 Å2
3----0.591 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→51.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3598 0 75 617 4290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.023832
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2511.9855236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1795504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78223.951162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.46915580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9771525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.22640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.090.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7011.0533831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1831.5625229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.513.2531271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2465.9085438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 174 -
Rwork0.225 3884 -
obs--66.831 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.75 Å / Origin y: 22.623 Å / Origin z: 41.528 Å
111213212223313233
T0.0101 Å20.0036 Å2-0.0078 Å2-0.0255 Å2-0.0008 Å2--0.0153 Å2
L0.0962 °2-0.0761 °2-0.0201 °2-0.5013 °2-0.0083 °2--0.1332 °2
S-0.0252 Å °-0.0063 Å °0.0239 Å °0.0401 Å °0.0188 Å °0.0215 Å °-0.0076 Å °-0.0476 Å °0.0064 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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