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- PDB-4ari: Ternary complex of E. coli leucyl-tRNA synthetase, tRNA(leu) and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ari
タイトルTernary complex of E. coli leucyl-tRNA synthetase, tRNA(leu) and the benzoxaborole AN2679 in the editing conformation
要素
  • LEUCINE--TRNA LIGASE
  • TRNA-LEU5 (UAA ISOACEPTOR)
キーワードLIGASE/RNA / LIGASE-RNA COMPLEX / LIGASE / NUCLEOTIDE(ATP)-BINDING / PROTEIN BIOSYNTHESIS / CLASS I AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine-tRNA ligase / leucine-tRNA ligase activity / leucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #290 / Ubiquitin-like (UB roll) - #590 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia ...Rubrerythrin, domain 2 - #290 / Ubiquitin-like (UB roll) - #590 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Rubrerythrin, domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Single Sheet / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Leucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Palencia, A. / Crepin, T. / Vu, M.T. / Lincecum Jr, T.L. / Martinis, S.A. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Dynamics of the Aminoacylation and Proofreading Functional Cycle of Bacterial Leucyl-tRNA Synthetase
著者: Palencia, A. / Crepin, T. / Vu, M.T. / Lincecum Jr, T.L. / Martinis, S.A. / Cusack, S.
履歴
登録2012年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Other
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 2.02019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_proc ...entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUCINE--TRNA LIGASE
B: TRNA-LEU5 (UAA ISOACEPTOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,1018
ポリマ－127,6842
非ポリマー4176
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area46940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.180, 118.940, 141.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LEUCINE--TRNA LIGASE / LEUCYL-TRNA SYNTHETASE / LEURS


分子量: 99516.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07813, leucine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 TRNA-LEU5 (UAA ISOACEPTOR)


分子量: 28167.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: UNMODIFIED T7 TRANSCRIPT / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: THE TERNARY COMPLEX ECLEURS-TRNA-AN2679 WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M SODIUM ACETATE (PH 5.6), 14-18% (W/V) PEG 6000 AND 20 MM NACL. THE CRYSTALS WERE FROZEN IN LIQUID NITROGEN USING 22% (V/V) ...詳細: THE TERNARY COMPLEX ECLEURS-TRNA-AN2679 WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M SODIUM ACETATE (PH 5.6), 14-18% (W/V) PEG 6000 AND 20 MM NACL. THE CRYSTALS WERE FROZEN IN LIQUID NITROGEN USING 22% (V/V) ETHYLENE GLYCOL AS CRYOPROTECTANT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 74893 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.91 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 74.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0116精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H3N

1h3n


解像度: 2.08→90.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 4.66 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24436 3759 5 %RANDOM
Rwork0.19879 ---
obs0.2011 71134 96.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→90.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6521 1720 26 324 8591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0188619
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.8412076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.994312938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0165819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.33124.465318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.542151134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8191539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.082→2.136 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 199 -
Rwork0.273 3937 -
obs--74.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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