PDB-4arf: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PEPTIDASE DOMAIN OF COLLAGENASE H FROM C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4arf

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE PEPTIDASE DOMAIN OF COLLAGENASE H FROM CLOSTRIDIUM HISTOLYTICUM IN COMPLEX WITH THE PEPTIDIC INHIBITOR ISOAMYLPHOSPHONYL-GLY-PRO-ALA AT 1.77 ANGSTROM RESOLUTION.

要素

COLH PROTEIN
ISOAMYLPHOSPHONYL-GLY-PRO-ALA

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / COLLAGENOLYSIS / HYDROLYSE / METALLOPROTEASE / HEXXH

機能・相同性

機能・相同性情報

tripeptidase activity / microbial collagenase / collagen metabolic process / collagen binding / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM HISTOLYTICUM (バクテリア)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Eckhard, U. / Brandstetter, H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Activity Regulation and Substrate Preference of Clostridial Collagenases G, H, and T.
著者: Eckhard, U. / Schonauer, E. / Brandstetter, H.

履歴

登録	2012年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月8日	Group: Source and taxonomy
改定 2.0	2018年2月7日	Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_symm_contact / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id
改定 3.0	2023年12月20日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 3.1	2024年11月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4arf.cif.gz	183.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4arf.ent.gz	145.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4arf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4arf_validation.pdf.gz	424.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4arf_full_validation.pdf.gz	425 KB	表示
XML形式データ	4arf_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	4arf_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aqoC 4ar1C 4ar8C 4ar9C 4areC 2y3uS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1t2b-d 2el2-2 2e8q-2 2eld-2 2eh5-2 2dv5-2 3bdz-d 2pcm-2 2pb5-2 2pb6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: COLH PROTEIN

B: ISOAMYLPHOSPHONYL-GLY-PRO-ALA

ヘテロ分子

46.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: COLH PROTEIN

B: ISOAMYLPHOSPHONYL-GLY-PRO-ALA

ヘテロ分子

A: COLH PROTEIN

B: ISOAMYLPHOSPHONYL-GLY-PRO-ALA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.870, 106.780, 51.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1130- HOH
2	1	A-1132- HOH

#1: タンパク質	COLH PROTEIN / COLLAGENASE 分子量: 45876.820 Da / 分子数: 1 / 断片: PEPTIDASE DOMAIN, RESIDUES 331-721 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM HISTOLYTICUM (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q46085, microbial collagenase
#2: タンパク質・ペプチド	ISOAMYLPHOSPHONYL-GLY-PRO-ALA 分子量: 391.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.37 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.25 / 詳細: 22.5% PEG3350, 0.15M SODIUM FORMATE, PH 7.25

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8856
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→40 Å / Num. obs: 42481 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 22.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.77→1.87 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 86.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y3U

2y3u

解像度: 1.77→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 5.339 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20007	2150	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15019	-	-	-
obs	0.15272	40273	97.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.437 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3105	0	2	267	3374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.147	1.949	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.823	3	5220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.397	5	379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.689	24.337	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.928	15	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.279	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.961	3	5357
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	23.143	5	85
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.04	5	5463

LS精密化シェル

解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	117	-
R_work	0.254	2292	-
obs	-	-	79.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1288	2.0724	-1.7506	3.3866	-1.6843	2.2718	-0.0234	-0.1249	-0.1443	-0.0472	-0.0161	-0.0976	0.0744	-0.0442	0.0394	0.0168	-0.0033	-0.0093	0.0653	0.0396	0.0345	-13.998	14.7608	-28.5202
2	0.0286	-0.2519	-0.0643	5.8735	1.0295	0.2119	-0.0199	0.0037	-0.0297	-0.0236	-0.0509	0.3276	0.032	-0.0361	0.0708	0.0555	-0.0189	0.0039	0.0859	0.0067	0.0403	-20.8268	15.5684	-21.8204
3	0.241	-0.0616	-0.0539	0.1683	0.219	0.2927	0.0055	-0.0292	-0.0082	0.0072	-0.0046	-0.0099	0.0011	-0.0124	-0.0009	0.0393	0.0012	-0.0124	0.059	0.0153	0.0355	-5.8007	18.5219	-18.8348
4	23.0189	0.3358	6.1715	12.1256	-0.2248	1.6628	0.6745	-0.3007	2.4223	0.4313	-1.2591	0.249	0.187	-0.0482	0.5846	0.1236	0.0126	0.0644	0.2435	-0.0696	0.2635	-7.4681	-2.0062	-19.2159
5	1.36	1.1689	0.4372	19.2883	2.8178	3.636	-0.1538	-0.0351	-0.3275	0.5087	0.0926	-1.203	0.521	0.3141	0.0613	0.1156	0.0659	0.0469	0.1016	0.016	0.1548	-6.5493	1.6723	-12.2576
6	3.492	1.1037	-1.6576	1.2732	0.1102	1.326	-0.0962	-0.0129	-0.2064	0.0604	-0.039	-0.0401	0.0377	-0.0709	0.1351	0.0637	0.0164	-0.0113	0.0864	0.0119	0.025	-11.5523	8.1862	-15.7892
7	0.7323	0.199	0.028	0.3673	0.1744	0.0948	-0.0022	-0.0161	0.0398	0.0397	0.0005	0.0001	0.0063	-0.0029	0.0018	0.054	0.0056	-0.0168	0.0648	0.0056	0.0118	-6.7316	16.8135	-13.8895
8	3.7402	0.0294	2.9036	3.6278	3.0091	7.6564	-0.0089	0.1122	-0.1991	0.2276	0.0976	0.2214	0.3318	0.2673	-0.0887	0.0516	-0.0186	-0.0102	0.0426	0.0201	0.0493	9.134	10.2915	-14.346
9	1.5113	0.6572	-1.0372	0.3337	-0.2326	1.7072	-0.0833	0.0534	-0.0786	-0.0447	0.0639	-0.0421	0.02	0.1476	0.0194	0.0247	-0.0116	-0.0047	0.0907	-0.0085	0.0219	5.912	12.8602	-5.5268
10	0.222	0.3457	-0.3722	0.5602	-0.4688	1.199	-0.0068	0.0172	0.0117	0.0076	0.0236	0.0176	0.0583	-0.0228	-0.0168	0.0464	0.0085	-0.0166	0.0591	0.0014	0.0303	-11.5364	20.5016	-0.5684
11	0.5906	0.1569	-0.1151	0.717	0.6694	1.3425	0.0026	-0.0279	-0.0383	-0.0219	-0.0069	0.0036	0.0876	0.0992	0.0043	0.0316	0.0065	0.0007	0.0531	-0.0028	0.0237	-1.4346	13.0706	3.5524
12	1.6648	-0.9335	-0.9225	0.7949	0.6899	0.6613	0.0087	-0.0877	0.0766	-0.0603	0.0597	-0.0073	-0.0503	0.068	-0.0684	0.0397	-0.0133	0.0041	0.0697	-0.0141	0.0582	7.9823	24.5009	-4.0794
13	5.9325	-5.2517	-9.079	6.2068	7.7193	17.2498	-0.0071	-0.31	0.078	-0.0027	0.1537	-0.0456	0.1934	0.6644	-0.1466	0.0131	-0.005	-0.0007	0.1083	-0.0048	0.0216	9.9967	20.6671	7.7092
14	1.2946	-0.281	1.1128	0.1022	-0.3155	2.0873	0.0155	0.0085	0.0473	-0.0346	0.0258	0.0096	-0.0602	-0.0723	-0.0413	0.0423	-0.0121	-0.0143	0.0467	-0.0017	0.0358	-10.0089	22.501	7.6496
15	5.2505	-1.8278	4.6912	2.6942	-2.7716	4.8245	-0.0153	-0.2157	-0.0804	-0.0232	0.1329	0.0884	0.0175	-0.2172	-0.1176	0.0547	0.0209	-0.0093	0.0703	-0.0149	0.0158	-24.7252	27.0199	-18.5463
16	1.4551	1.0808	0.2451	1.3311	0.1738	0.0416	-0.1014	0.0946	0.3112	-0.0677	0.0441	0.0058	-0.0157	0.0149	0.0573	0.0264	-0.029	-0.0162	0.0425	0.0184	0.1678	-14.5438	43.8463	-24.9842
17	1.148	0.1734	1.0149	0.4976	0.683	1.4968	-0.0062	0.0013	-0.0395	0.0433	0.047	-0.0225	0.037	0.06	-0.0408	0.046	-0.0141	0.0073	0.0574	0.0079	0.0435	-6.9319	35.8299	-20.7734
18	7.4915	0.0425	2.4692	0.0597	0.2401	1.7769	-0.0756	-0.1808	0.1778	0.0115	-0.0216	-0.0101	0.0002	-0.1547	0.0972	0.0429	-0.0068	-0.0186	0.0486	-0.0265	0.074	-12.0593	40.6985	-10.3413
19	1.7789	0.3794	0.8614	0.4613	0.6507	0.9949	-0.0277	0.0695	0.0664	0.0078	0.0476	-0.041	0.0091	0.0645	-0.0199	0.0305	-0.0153	0.0021	0.0496	0.0048	0.0546	-5.7137	39.3054	-16.4664
20	9.8626	-0.2944	8.5561	0.9012	-3.3502	18.1945	-0.1651	0.3651	-0.0527	-0.0778	0.14	-0.0345	0.1055	-0.2334	0.0252	0.0775	0.0133	0.0485	0.0838	-0.0151	0.0636	-20.497	33.4497	-31.8078

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	342 - 356
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	357 - 372
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	373 - 412
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	413 - 419
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	420 - 427
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	428 - 445
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	446 - 469
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	470 - 477
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	478 - 487
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	488 - 517
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	518 - 547
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	548 - 574
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	575 - 584
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	585 - 605
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	606 - 615
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	616 - 636
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	637 - 665
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	666 - 685
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	686 - 715
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	716 - 721

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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