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- PDB-4aqq: Dodecahedron formed of penton base protein from adenovirus Ad3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aqq
タイトルDodecahedron formed of penton base protein from adenovirus Ad3
要素L2 PROTEIN III (PENTON BASE)
キーワードVIRAL PROTEIN / CAPSID PROTEIN / DSDNA VIRUS / VIRUS-LIKE PARTICLE / STRAND SWAPPING
機能・相同性Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / T=25 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding / Penton protein
機能・相同性情報
生物種HUMAN ADENOVIRUS 3 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.75 Å
データ登録者Burmeister, W.P. / Szolajska, E. / Zochowska, M. / Nerlo, B. / Andreev, I. / Schoehn, G. / Andrieu, J.-P. / Fender, P. / Naskalska, A. / Zubieta, C. ...Burmeister, W.P. / Szolajska, E. / Zochowska, M. / Nerlo, B. / Andreev, I. / Schoehn, G. / Andrieu, J.-P. / Fender, P. / Naskalska, A. / Zubieta, C. / Cusack, S. / Chroboczek, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: The Structural Basis for the Integrity of Adenovirus Ad3 Dodecahedron.
著者: Szolajska, E. / Burmeister, W.P. / Zochowska, M. / Nerlo, B. / Andreev, I. / Schoehn, G. / Andrieu, J.P. / Fender, P. / Naskalska, A. / Zubieta, C. / Cusack, S. / Chroboczek, J.
履歴
登録2012年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L2 PROTEIN III (PENTON BASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0902
ポリマ－58,0501
非ポリマー401
水00
1
A: L2 PROTEIN III (PENTON BASE)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,485,425120
ポリマ－3,483,02060
非ポリマー2,40560
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: L2 PROTEIN III (PENTON BASE)
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 290 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,45210
ポリマ－290,2525
非ポリマー2005
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: L2 PROTEIN III (PENTON BASE)
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 349 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,54212
ポリマ－348,3026
非ポリマー2406
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)342.701, 342.701, 342.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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55generate(0.34502, -0.9336, 0.0967), (0.86931, 0.3567, 0.34215), (-0.35392, -0.03398, 0.93466)15.58765, 59.58229, -10.79606
56generate(-0.40895, 0.258, -0.87533), (0.91141, 0.06733, -0.40596), (-0.0458, -0.9638, -0.26268)-150.43338, -68.13529, -215.59019
57generate(-0.48638, -0.77899, -0.39575), (0.82836, -0.26701, -0.49247), (0.27797, -0.56735, 0.77515)-68.49478, -82.97678, -37.9952
58generate(-0.20074, -0.67325, 0.71164), (0.85851, -0.47081, -0.20324), (0.47188, 0.57015, 0.6725)121.05467, -33.30771, -55.96077
59generate(0.04089, 0.39758, 0.91666), (0.96588, -0.25055, 0.06559), (0.25574, 0.8827, -0.39425)157.21521, 12.27181, -237.63629
60generate(-0.07854, 0.99552, -0.05261), (0.99563, 0.07566, -0.05467), (-0.05045, -0.05668, -0.99712)-9.34358, -8.03301, -341.82577

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要素

#1: タンパク質 L2 PROTEIN III (PENTON BASE) / PENTON PROTEIN


分子量: 58050.332 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-542 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN ADENOVIRUS 3 (ヒトアデノウイルス)
株: UNIDENTIFIED / プラスミド: BAC PAC6 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2Y0H9
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: HANGING DROP METHOD WITH 2UL:2UL DROPS. RESERVOIR 12 % PEG 8000, 100 MM HEPES PH 6.5, 100 MM CACL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933
検出器タイプ: MARRESEARCH MAR133 / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月4日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.75→69.3 Å / Num. obs: 67599 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル解像度: 4.75→5.01 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0116精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C9G

2c9g


解像度: 4.75→242.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.83 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.817 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.517 / ESU R Free: 1.513 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: REFINEMENT PROTOCOL USED CNS_SOLVE 1.1 REFINEMENT FOR POSITIONAL AND B-FACTOR REFINEMENT IMPOSING STRICT 60-FOLD NCS FOLLOWED BY A RIGID BODY CYCLE (USING AN EXPANDED MODEL IN REFMAC (REPORTED ABOVE).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29029 3418 5.1 %RANDOM
Rwork0.29108 ---
obs0.29104 64099 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.381 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.75→242.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3724 0 1 0 3725
LS精密化 シェル解像度: 4.75→4.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 267 -
Rwork0.328 4489 -
obs--99.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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