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- PDB-4apv: The Klebsiella pneumoniae primosomal PriB protein: identification... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4apv
タイトルThe Klebsiella pneumoniae primosomal PriB protein: identification, crystal structure, and ssDNA binding mode
要素PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N
キーワードREPLICATION / PRIB PRIMOSOME SSDNA BINDING
機能・相同性Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Lo, Y.H. / Huang, Y.H. / Hsiao, C.D. / Huang, C.Y.
引用ジャーナル: Genes Cells / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure and DNA-Binding Mode of Klebsiella Pneumoniae Primosomal Prib Protein.
著者: Huang, Y. / Lo, Y.H. / Huang, W. / Huang, C.Y.
履歴
登録2012年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5591
ポリマ－12,5591
非ポリマー00
水18010
1
A: PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N

A: PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1192
ポリマ－25,1192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-23.9 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.773, 36.934, 39.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N / PRIMOSOMAL DNA REPLICATION PROTEIN PRIB


分子量: 12559.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: G0GH41
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: 50% ETHANOL, 10 MM SODIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97622
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.4 Å / Num. obs: 5031 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 34.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 40.7
反射 シェル解像度: 2.09→2.1 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V1Q

1v1q


解像度: 2.095→26.649 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 478 9.7 %
Rwork0.1982 --
obs0.2052 4928 96.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.888 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6389 Å20 Å22.2615 Å2
2--4.2209 Å20 Å2
3----6.8598 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.095→26.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数755 0 0 10 765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0011039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.378282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0945-2.39740.30921710.21921473X-RAY DIFFRACTION98
2.3974-3.01980.30531590.19921520X-RAY DIFFRACTION99
3.0198-26.65070.25331480.19311457X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8729-0.5042-0.74871.5995-0.05965.42520.05580.8803-0.2023-0.1004-0.35610.02940.1939-1.29120.28140.3106-0.0314-0.02610.3248-0.07690.1342-3.0255-0.1049-10.5765
22.25791.59723.28025.40450.33175.8062-0.1258-0.5441-0.0061-0.2095-0.12020.42860.1626-0.38280.29440.3266-0.03370.09480.268-0.07730.2017-2.9355-1.0059-9.6605
36.04942.76652.24642.41740.46743.92460.19840.1139-0.25360.0117-0.2666-0.32120.03540.16260.05770.3657-0.0089-0.01120.2158-0.00260.27826.6319-0.8274-4.6466
46.04232.2433-1.82253.53921.0384.9153-0.18320.7226-0.1201-0.4136-0.06330.34220.0634-0.32060.19310.3477-0.0001-0.04470.33-0.04870.2675-6.97660.584-10.9262
58.18172.7035-2.93782.9976-3.15143.29-0.42670.88150.1079-0.3110.1890.0199-0.5336-0.64950.10740.44560.0631-0.05290.399-0.05140.2509-3.87043.886-9.844
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:18)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 19:39)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 40:55)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 56:88)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 89:102)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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