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万見
- PDB-4am5: Bacterioferritin from Blastochloris viridis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4am5
タイトルBacterioferritin from Blastochloris viridis
要素BACTERIOFERRITIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / FERROXIDASE CENTRE / IRON STORAGE / DI IRON CENTRE / IRON CHANNEL / HEME BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion transport / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Wahlgren, W.Y. / Omran, H. / von Stetten, D. / Royant, A. / van der Post, S. / Katona, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural Characterization of Bacterioferritin from Blastochloris Viridis.
著者: Wahlgren, W.Y. / Omran, H. / von Stetten, D. / Royant, A. / van der Post, S. / Katona, G.
履歴
登録2012年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.32017年12月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6217
ポリマ－36,7812
非ポリマー8405
水5,837324
1
A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,45684
ポリマ－441,37824
非ポリマー10,07860
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation46_445-y-1/2,z-1/2,-x1
crystal symmetry operation16_545x,-y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation21_545y,z-1/2,x+1/21
crystal symmetry operation36_455-y-1/2,-z,x+1/21
crystal symmetry operation27_455-x-1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation42_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation38_445-x-1/2,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation19_545-z,-x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation29_455z-1/2,x,y+1/21
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
Buried area94570 Å2
ΔGint-1300 kcal/mol
Surface area128420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.200, 170.200, 170.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2080-

HOH

21B-2088-

HOH

31B-2116-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BACTERIOFERRITIN


分子量: 18390.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア) / 参照: UniProt: K7N5M0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 UL PROTEIN PLUS 1 UL RESERVOIR SOLUTION OF 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.1 M NACL, 1.6 M (NH4)2SO4 USING THE HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION METHOD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→39.1 Å / Num. obs: 52949 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 41 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 28.84
反射 シェル解像度: 1.58→1.62 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GVY

3gvy


解像度: 1.58→98.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.074 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17435 2777 5 %RANDOM
Rwork0.15571 ---
obs0.15666 52949 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.655 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→98.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2592 0 47 324 2963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.022718
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.2181.993685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5595322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.05424.825143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59215490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8751516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1970.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.022092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 176 -
Rwork0.192 3807 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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