PDB-4akz: CRYSTAL STRUCTURE OF VIRB8 FROM BRUCELLA SUIS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4akz

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF VIRB8 FROM BRUCELLA SUIS

要素

TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type IV secretion system / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

BRUCELLA SUIS (ブタ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Coincon, M. / Smith, M.A. / Sygusch, J. / Baron, C.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Identification of the Binding Site of Brucella Virb8 Interaction Inhibitors.
著者: Smith, M.A. / Coincon, M. / Paschos, A. / Jolicoeur, B. / Lavallee, P. / Sygusch, J. / Baron, C.

履歴

登録	2012年2月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年5月8日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4akz.cif.gz	162.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4akz.ent.gz	131.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4akz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4akz_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4akz_full_validation.pdf.gz	470.6 KB	表示
XML形式データ	4akz_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	4akz_validation.cif.gz	57 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/4akz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/4akz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4akyC 2bhm C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l83-d 4aky-5 7afw-d 2qf4-2 2ajg-2 6i9o-2 6jlg-6 2p0b-d 4c6a-d 6top-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

B: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

C: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

D: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

E: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

77.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	198.440, 198.440, 103.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2019- HOH
2	1	C-2048- HOH

#1: タンパク質	TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8 分子量: 15536.107 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 97-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BRUCELLA SUIS (ブタ流産菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q7CEG3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.39 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.6 / 詳細: 0.8 M K2HPO4, 0.04 M NA2HPO4 AND 1% DMSO, pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→25.6 Å / Num. obs: 48076 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 37.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 37.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.25→19.936 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 21.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2173	3605	7.5 %
R_work	0.1895	-	-
obs	0.1917	48074	97.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 86.356 Å² / k_sol: 0.379 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.1228 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.1288 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.2379 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.936 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5350	0	0	941	6291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5471
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.022	7435
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.637	1913
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	818
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	940

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2504-2.2799	0.2308	84	0.2127	1035	X-RAY DIFFRACTION	60
2.2799-2.3111	0.2415	125	0.224	1538	X-RAY DIFFRACTION	89
2.3111-2.3441	0.266	134	0.2196	1658	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3441-2.379	0.2909	139	0.2181	1717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.379-2.4161	0.2604	140	0.2278	1718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4161-2.4557	0.3005	142	0.2137	1758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4557-2.4979	0.2544	140	0.2013	1724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4979-2.5433	0.253	141	0.1973	1738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5433-2.5921	0.2318	140	0.2061	1735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5921-2.6449	0.2424	140	0.1951	1727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6449-2.7023	0.2338	141	0.2024	1737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7023-2.765	0.2364	141	0.1975	1738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.765-2.8339	0.2304	142	0.1966	1743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8339-2.9103	0.2269	140	0.2066	1735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9103-2.9957	0.264	142	0.1986	1747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9957-3.092	0.2175	141	0.1956	1741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.092-3.2021	0.2368	142	0.1847	1755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2021-3.3298	0.209	143	0.1758	1758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3298-3.4805	0.2108	141	0.1708	1741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4805-3.663	0.1892	143	0.1558	1763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.663-3.8909	0.1738	142	0.1587	1755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8909-4.1887	0.1686	144	0.1463	1775	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1887-4.6056	0.1572	143	0.1312	1766	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6056-5.2613	0.1396	146	0.1505	1791	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2613-6.5887	0.2275	146	0.2022	1805	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5887-19.9368	0.279	143	0.2685	1771	X-RAY DIFFRACTION	94

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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