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- PDB-4akx: Structure of the heterodimeric complex ExoU-SpcU from the type II... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4akx
タイトルStructure of the heterodimeric complex ExoU-SpcU from the type III secretion system (T3SS) of Pseudomonas aeruginosa
要素
  • EXOU
  • SPCU
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PHOSPHOLIPASE / CHAPERONE / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid catabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #80 / : / : / ExoU toxin, middle helical domain / ExoU toxin, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #100 / : / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Patatin-like phospholipase domain ...Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #80 / : / : / ExoU toxin, middle helical domain / ExoU toxin, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #100 / : / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Patatin-like phospholipase domain / Patatin-like phospholipase / Patatin-like phospholipase (PNPLA) domain profile. / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ExoU / SpcU / ExoU / SpcU
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Gendrin, C. / Contreras-Martel, C. / Bouillot, S. / Elsen, S. / Lemaire, D. / Skoufias, D.A. / Huber, P. / Attree, I. / Dessen, A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of Cytotoxicity Mediated by the Type III Secretion Toxin Exou from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Gendrin, C. / Contreras-Martel, C. / Bouillot, S. / Elsen, S. / Lemaire, D. / Skoufias, D.A. / Huber, P. / Attree, I. / Dessen, A.
履歴
登録2012年2月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Other
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPCU
B: EXOU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8292
ポリマ－85,8292
非ポリマー00
水68538
1
A: SPCU
B: EXOU

A: SPCU
B: EXOU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,6574
ポリマ－171,6574
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8940 Å2
ΔGint-39.2 kcal/mol
Surface area64550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.887, 52.799, 121.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 SPCU


分子量: 13937.651 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: CLINICAL ISOLATE (GESPA 1999 COLLECTION) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02IF2, UniProt: O66100*PLUS
#2: タンパク質 EXOU


分子量: 71890.961 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 30-687 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: CLINICAL ISOLATE (GESPA 1999 COLLECTION) / 解説: GESPA 1999 COLLECTION / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02IF1, UniProt: O34208*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THROMBIN SITE WAS INTRODUCED BETWEEN RESIDUES 29 AND 30 OF EXOU. THE DIGESTED PROTEIN WAS ...THROMBIN SITE WAS INTRODUCED BETWEEN RESIDUES 29 AND 30 OF EXOU. THE DIGESTED PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN COMPLEX WITH SPCU

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9 / 詳細: 50 MM BICINE PH 9.0, 10% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97908
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→97.05 Å / Num. obs: 17008 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 82.666 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.94→3.12 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.94→97.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 42.898 / SU ML: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.448 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26437 840 5 %RANDOM
Rwork0.20801 ---
obs0.21102 15943 98.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 98.814 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20 Å2-0.51 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----2.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→97.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5005 0 0 38 5043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195093
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2911.9956898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7535649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60624.123228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.6115842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5921548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.941→3.018 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 40 -
Rwork0.315 930 -
obs--83.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7742.0978-0.15254.93753.25629.7772-0.30040.3906-0.4148-0.3413-0.0355-0.10360.4221-0.41040.33590.16640.01670.0460.28060.04780.179836.333537.619936.1173
21.9661.1056-0.02355.278-0.17172.8559-0.05630.1992-0.0251-0.0709-0.0352-0.453-0.01830.33020.09150.10870.00280.05650.152-0.01340.086149.929647.44883.5537
32.2430.5467-0.75461.4975-0.40022.72640.2316-0.5856-0.10670.3829-0.1955-0.4320.17360.4054-0.03620.5624-0.0117-0.05440.77020.02630.846279.048249.986622.4513
44.5393-1.27240.32575.222-3.548523.0410.0775-0.43970.62790.4107-0.4371-0.3888-0.69680.80510.35970.2026-0.1615-0.05430.289-0.0730.150954.468561.039235.5304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1B28 - 33
3X-RAY DIFFRACTION1B50 - 66
4X-RAY DIFFRACTION2B67 - 102
5X-RAY DIFFRACTION2B473 - 601
6X-RAY DIFFRACTION3B103 - 472
7X-RAY DIFFRACTION4B602 - 685

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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