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- PDB-4ajv: Structure of mouse ZP-C domain of TGF-Beta-Receptor-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ajv
タイトルStructure of mouse ZP-C domain of TGF-Beta-Receptor-3
要素TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA RECEPTOR TYPE 3
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


epicardial cell to mesenchymal cell transition / TGFBR3 PTM regulation / TGFBR3 regulates activin signaling / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / negative regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / epicardium-derived cardiac fibroblast cell development / Signaling by Activin / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling ...epicardial cell to mesenchymal cell transition / TGFBR3 PTM regulation / TGFBR3 regulates activin signaling / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / negative regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / epicardium-derived cardiac fibroblast cell development / Signaling by Activin / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Signaling by BMP / muscular septum morphogenesis / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / definitive erythrocyte differentiation / visceral serous pericardium development / coronary vasculature morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / apoptotic process involved in morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity / ventricular compact myocardium morphogenesis / secondary palate development / negative regulation of epithelial cell migration / collagen metabolic process / heart trabecula morphogenesis / glycosaminoglycan binding / positive regulation of BMP signaling pathway / heart trabecula formation / coronary vasculature development / definitive hemopoiesis / transforming growth factor beta binding / cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / blood vessel development / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / roof of mouth development / outflow tract morphogenesis / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blood vessel remodeling / blastocyst development / BMP signaling pathway / vasculogenesis / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / liver development / blood vessel diameter maintenance / PDZ domain binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / osteoblast differentiation / in utero embryonic development / cell population proliferation / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zona pellucida, ZP-C domain / : / Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / : / : / ZP-N domain / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP-C domain / Zona pellucida (ZP) domain ...Zona pellucida, ZP-C domain / : / Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / : / : / ZP-N domain / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP-C domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta receptor type 3
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Diestel, U. / Resch, M. / Meinhardt, K. / Weiler, S. / Hellmann, T.V. / Nickel, J. / Eichler, J. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Identification of a Novel Tgf-Beta-Binding Site in the Zona Pellucida C-Terminal (Zp-C) Domain of Tgf-Beta-Receptor-3 (Tgfr-3).
著者: Diestel, U. / Resch, M. / Meinhardt, K. / Weiler, S. / Hellmann, T.V. / Mueller, T.D. / Nickel, J. / Eichler, J. / Muller, Y.A.
履歴
登録2012年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA RECEPTOR TYPE 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0171
ポリマ－19,0171
非ポリマー00
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.660, 56.820, 60.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA RECEPTOR TYPE 3 / TGF-BETA RECEPTOR TYPE 3 / TGFR-3 / BETAGLYCAN / TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA RECEPTOR III / TGF- ...TGF-BETA RECEPTOR TYPE 3 / TGFR-3 / BETAGLYCAN / TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA RECEPTOR III / TGF-BETA RECEPTOR TYPE III


分子量: 19016.840 Da / 分子数: 1 / 断片: ZP-C DOMAIN, RESIDUES 591-757 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 EBNA / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O88393
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1 M HEPES PH 6 TO 7, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 20 TO 30 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38.32 Å / Num. obs: 4960 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 52.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QW9

3qw9


解像度: 2.7→38.318 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.6 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 730-744 COULD NOT BE MODELED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2958 271 5.5 %
Rwork0.22 --
obs0.2242 4959 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.046 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.6555 Å20 Å20 Å2
2--21.8371 Å20 Å2
3----11.1816 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.318 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1208 0 0 9 1217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7531681
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.933450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009215
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7002-3.40170.36861420.24612288X-RAY DIFFRACTION100
3.4017-38.32210.26491290.20942400X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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